1. 描述任務
Claude 處理大型數據集和搜尋科學文獻的能力，結合您的領域專業知識，讓您能在原本需要手動完成的一小部分時間內，從原始數據推進到經過驗證的假設。
與 Claude 分享您的基因體數據，並描述您想探索的內容。Claude 可以分析差異表現模式、建立視覺化圖表，並搜尋科學資料庫以將您的發現置於脈絡中。
我的同事最近發表了附件中的單細胞數據集，描述了成人與兒童肝臟樣本之間的基因表現差異，重點關注免疫系統。我想探索這些樣本，但專注於實質細胞以及成人與兒童肝臟之間的差異。您能否先幫我檢視差異表現基因並建立熱圖，然後再識別在每個樣本中富集的路徑或基因組？
2. 提供 Claude 脈絡資訊
為了幫助 Claude 有效分析您的基因體數據，您需要提供您的數據集（在新分頁中開啟），並可選擇連接到研究資料庫（在新分頁中開啟）。
必要脈絡資訊
上傳包含差異表現結果、標準化計數或其他定量基因體學數據的 CSV 或 TSV 檔案。點擊聊天欄中的 (+) 按鈕以瀏覽您的檔案，或者將檔案拖放到聊天框區域。
使用連接器讓 Claude 能夠存取研究資料庫。您可以瀏覽來自受信任合作夥伴、為 Model Context Protocol 打造的各種工具（在新分頁中開啟），或新增自訂連接器（在新分頁中開啟）。請注意，部分連接器僅能透過 Claude for Desktop（在新分頁中開啟） 使用。
接著 Claude 便可使用您的基因體數據檔案執行計算分析並生成視覺化圖表。
3. Claude 建立的內容
Claude 檢視您的數據集、執行路徑富集分析、建立基因表現模式的視覺化呈現，並識別在每種條件下富集的關鍵生物過程。
我很樂意幫您分析成人與兒童肝臟實質細胞之間的這些差異表現基因！讓我先檢視您上傳的數據集。
太好了！我可以看到我們有兩個數據集：
兒童富集基因：2000 個具有正向 log fold change 的基因
成人富集基因：818 個具有正向 log fold change 的基因
現在讓我建立一個全面的分析，包括：
- 每組前幾名差異表現基因的熱圖視覺化
- 兩種條件的路徑富集分析
太棒了！我已完成成人與兒童肝臟實質細胞之間差異表現基因的全面分析。以下是我的發現：
主要發現：
數據集概覽：
- 兒童富集：1,999 個表現顯著較高的基因
- 成人富集：817 個表現顯著較高的基因
前幾名兒童富集基因：
最顯著的兒童標記顯示出極高的 fold change（15-25 log2FC）：
- KCNA5（電壓門控鉀離子通道）- 24.9 log2FC
- HSPB7（熱休克蛋白）- 24.7 log2FC
- MYOZ1（肌肉發育）- 24.3 log2FC
- HAPLN2（ECM 蛋白聚醣）- 8.7 log2FC
- CASQ2（心臟鈣離子隔離）- 8.1 log2FC
前幾名成人富集基因：
成人肝臟在成熟代謝功能方面顯示出中等程度的富集（4-5 log2FC）：
- APOA4（脂質代謝）- 5.3 log2FC
- CYP2A7（藥物代謝）- 4.6 log2FC
- CHI3L1（發炎標記）- 4.4 log2FC
- F9（凝血因子 IX）- 4.1 log2FC
- CYP3A4（主要藥物代謝酵素）- 3.6 log2FC
路徑富集分析：
強烈偏向兒童（>75%）：
- 心臟／平滑肌（89% 兒童）- 發育性收縮機制
- 肌肉／收縮蛋白（86%）- 細胞骨架成熟
- 細胞外基質（85%）- 組織重塑
- 趨化因子／細胞激素（81%）- 免疫招募
- 熱休克蛋白（80%）- 壓力反應／發育
- 凝血／血液（78%）- 止血發育
強烈偏向成人（>75%）：
- CYP450／藥物代謝（87% 成人）- 成熟異生物質處理
- 分泌蛋白（83%）- 肝臟合成功能
- 脂質代謝（80%）- 成熟脂質恆定
- 葡萄糖代謝（67%）- 糖質新生能力
- 離子通道／運輸（65%）- 成熟肝細胞功能
生物學見解：
兒童肝臟的特徵為：
- 強烈的發育程序（肌肉、ECM、收縮蛋白）
- 活躍的組織重塑與生長
- 升高的壓力反應（HSPs）
- 免疫系統招募特徵
- 未成熟的代謝能力
成人肝臟展現出：
- 成熟的代謝特化（CYP450s、脂質／葡萄糖代謝）
- 已建立的合成功能（凝血因子、補體）
- 減少的發育訊號傳導
- 功能性肝細胞分化
生成的檔案：
- 檢視熱圖 - 每組前 50 個基因
- 檢視路徑分析 - 路徑富集比較
- 檢視詳細摘要 - 基因統計數據
- 檢視完整路徑分析 - 完整路徑詳情
- 檢視路徑摘要表 - 摘要統計數據
4. 後續提示
繼續與 Claude 對話以精煉、擴展或進一步探索。
文獻驗證
Claude 可以搜尋 PubMed（在新分頁中開啟），以區分您的哪些發現在文獻中已有充分記載，哪些是新發現，幫助您識別最有前景的進一步研究方向。
我想專注於細胞外基質及其在兒童肝臟中的重塑或功能。我想了解這些發現中哪些是預期的，哪些是新的。您能否檢視 ECM 和重塑蛋白，並在 PubMed 中探索文獻，以釐清兒童肝臟中已充分理解的基質蛋白的引用，與目前在發育性或兒童肝臟中尚無已知功能的 ECM 成分之間的區別？
5. 技巧、提示與疑難排解
連接 PubMed（在新分頁中開啟） 以進行即時文獻整合
當 Claude 連接到 PubMed 時，它可以存取實際論文、提取特定實驗細節，並找到您可能遺漏的引用。這將文獻回顧從一項需要數天的任務轉變為一場對話。Claude 會提供其提及的所有文章的參考連結，包括識別您可以自行深入檢視以進一步審查的特定章節。
逐步建立您的分析
從探索性數據分析和視覺化開始，檢視模式，然後深入探討特定路徑。這種檢查點式的方法讓您能夠將分析導向最有趣的發現，而不是試圖一次完成所有事情。
請 Claude 展示其計算方法
要求「展示程式碼給我看」或「解釋您的分析方法」，以驗證 Claude 是否針對您的數據類型使用了適當的統計方法。這能增強對結果的信心，並幫助您向審稿人解釋您的分析。
繼續在您的檔案中工作
Claude 建立的檔案完全可編輯。下載熱圖、路徑比較和摘要文件，以便在您偏好的工具中繼續工作。
6. 準備好親自嘗試了嗎？
無論您是在探索差異表現、根據文獻驗證發現，還是設計後續實驗，Claude 都能處理繁重的計算工作，讓您專注於科學發現的創造性工作。