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在 Claude 中使用 ToolUniverse 擴充功能

設定並使用 ToolUniverse 桌面擴充功能，讓 Claude 能夠存取 600 多個經過審核的 科學工具，用於假設探索、藥物發現，以及多資料庫研究工作流程。

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ToolUniverse MCP 讓 Claude 能夠存取一個擁有 600 多個經過審核的科學工具的函式庫，用於探索龐大的假設空間、比較相互競爭的假設，並在由快至慢的分析週期中反覆迭代。本文說明如何設定並使用與 Claude 的 ToolUniverse 整合。

ToolUniverse 整合功能是以桌面擴充功能的形式在 Claude Desktop App 中提供（點此下載），它依賴於 Claude 透過桌面擴充功能使用本機連接器的能力。

關於 ToolUniverse 整合

ToolUniverse 是一個用於建構 AI 科學家及科學用 AI 代理人的生態系統，這些 AI 科學家與代理人與研究人員合作，產生假設、將假設轉化為可執行的研究計畫、執行科學工具，並持續更新分析結果。它的目標是進行大規模研究，重新構想科學發現的方式：AI 科學家探索龐大的假設空間、比較相互競爭的假設，並在由快至慢的分析週期中反覆迭代，而不是產出一次性的摘要。

ToolUniverse 將工具使用標準化。它讓 AI 科學家能夠透過本機 Python 函式以及經由 MCP 提供的遠端服務，來發現並執行工具。這種設計讓每個步驟都可被檢視：AI 科學家組合出串連資料集、模型與分析管線的端到端工作流程，並在選擇下一步行動之前記錄輸入與輸出。在人機協作中，ToolUniverse 支援一個持續的循環：假設產生、資訊搜尋式工具呼叫、執行研究目標，以及隨著新實驗數據的到來與洞見的產生而精煉內部模型。

此整合中可用的資料集與服務

ToolUniverse 免責聲明： ToolUniverse 提供對第三方科學資料庫及服務的存取。以下所列資料、內容與服務的所有版權與智慧財產權均屬於各自的原始來源與擁有者。ToolUniverse 僅作為整合平台，對這些外部資源的準確性、完整性或持續可用性不承擔任何責任。

ToolUniverse 提供對一整套全面的科學資源生態系統的存取：

生物資料庫與生物基礎模型

  • UniProt - 完整的蛋白質知識資料庫
  • Ensembl - 基因體數據與註解
  • RCSB PDB - 蛋白質結構資料庫
  • ChEMBL - 生物活性分子與藥物發現資料庫
  • NCBI 資料庫 - GenBank、RefSeq、SNP 資料庫
  • Gene Ontology - 生物過程、功能及位置註解
  • ESM - 蛋白質語言模型
  • TranscriptFormer - 單細胞基礎模型

化學與藥物資料庫

  • PubChem - 化學結構與生物活性
  • DrugBank - 藥物與藥物標靶資料庫
  • ChEMBL - 具生物活性的類藥小分子
  • FDA 資料庫 - 藥物核准、藥物處方資訊、不良事件、藥物適應症與禁忌症、藥物交互作用
  • ClinicalTrials.gov - 臨床試驗資訊

文獻與知識庫

  • PubMed - 生物醫學文獻資料庫
  • Semantic Scholar - AI 驅動的文獻分析
  • Europe PMC - 開放取用生物醫學文獻
  • OpenAlex - 全面的學術著作資料庫
  • Crossref - DOI 註冊與中繼資料
  • OpenTargets - 用於系統性藥物標靶篩選的洞見

基因體與健康資料

  • GTEx - 組織特異性基因表現
  • GWAS Catalog - 全基因體關聯研究
  • ClinVar - 遺傳變異與疾病關係
  • OMIM - 人類孟德爾遺傳線上資料庫
  • TCGA - 癌症基因體數據

研究工具與 API

  • OpenTargets - 標靶與疾病關聯
  • STRING - 蛋白質-蛋白質交互作用網路
  • KEGG - 路徑與疾病資訊
  • Reactome - 生物路徑資料庫
  • InterPro - 蛋白質家族與功能域

AI 模型、AI 代理人、基礎與生成式模型、視覺化與科學工作流程

  • AlphaFold - 蛋白質結構預測
  • BLAST - 序列相似性搜尋
  • ADMET-AI - 藥物特性預測模型
  • ChemTools - 化學資訊學工具
  • 視覺化工具 - 分子與數據視覺化

誰應該使用 ToolUniverse 整合

研究科學家與學術人員

加速假設產生、自動化文獻回顧、執行複雜的多資料庫分析，並將研究能力擴展至新興的實驗性及人機協作平台。

製藥與生技公司

簡化藥物開發流程、強化標靶識別、改善化合物設計與最佳化、虛擬藥物篩選，並加速報告產生與標靶評估、降低風險及驗證。

醫療機構

推動精準醫療倡議、支援臨床試驗設計與病患篩選最佳化、促進藥物基因體學研究，並改善病患分層策略，從多模態醫療數據集中萃取預後與預測性生物標記。

資料科學家、機器學習工程師、平台與基礎架構工程師

無需自行開發即可存取特定領域的工具、快速建構科學用 AI 代理人原型，並將科學數據整合至機器學習工作流程中。

政府與監管機構

強化監管決策、改善不良事件分析、加速藥物核准流程，並進行全面的安全監測。

誰可以存取 ToolUniverse 整合

ToolUniverse 依 Apache License 2.0 開放原始碼，允許免費存取 ToolUniverse 的所有功能。原始碼可在 GitHub 上取得。

有關存取此整合的更多詳情，請參閱 ToolUniverse 的 MCP 伺服器文件。

設定 ToolUniverse 整合

ToolUniverse 整合功能是以桌面擴充功能的形式在 Claude Desktop App 中提供（點此下載）。對於組織擁有者（Team 與 Enterprise），設定此整合包括讓貴組織的成員能夠使用此擴充功能。對於個人使用者，設定此整合包括從 Claude Desktop App 內安裝此擴充功能。

適用於組織擁有者（Team 與 Enterprise）

如果貴組織使用桌面擴充功能允許清單（即限制使用者可存取哪些桌面擴充功能）……

  1. 前往「管理員設定」>「連接器」
  2. 點選頁面頂端的「Desktop」分頁
  3. 確認「允許清單」已切換為開啟
  4. 點選「瀏覽」按鈕
  5. 在搜尋欄位中輸入「ToolUniverse」
  6. 點選 ToolUniverse
  7. 點選「新增至您的團隊」
  8. 指示您的團隊依照以下個人 Claude 使用者的說明下載 Claude Desktop App 以存取此整合

如果貴組織未使用桌面擴充功能允許清單（即不限制使用者可存取哪些桌面擴充功能）……

  1. 前往「管理員設定」>「連接器」
  2. 點選頁面頂端的「Desktop」分頁
  3. 確認「允許清單」已切換為關閉
  4. 若允許清單已切換為關閉，貴組織中的所有使用者將已可依照以下個人 Claude 使用者的說明存取桌面擴充功能目錄

適用於個人 Claude 使用者

  1. 下載 Claude Desktop App
  2. 在 Claude Desktop App 中，前往「設定」>「擴充功能」
  3. 點選「瀏覽擴充功能」
  4. 點選「ToolUniverse」
  5. 點選「安裝」

深入了解從目錄安裝桌面擴充功能。

適用於 Claude Code 使用者

請依照 Claude Code 的 ToolUniverse 指南進行操作。

ToolUniverse 整合的技術細節可在 ToolUniverse 的 MCP 伺服器文件中找到。

範例使用情境

藥物發現與治療開發

  • 治療發現與從標靶到候選藥物的工作流程
  • 範例提示：

找出高膽固醇血症的標靶，利用 OpenTargets 及文獻證據優先篩選出一個標靶，接著篩選已知藥物及相近的類似物，並根據預測的結合力與 ADMET 權衡進行候選藥物排名。請提供中間證據及最終候選清單。

  • 工作流程： 由 ToolUniverse 驅動的 AI 科學家：
    • 使用 OpenTargets API 查詢疾病與標靶的關聯
    • 從 RCSB PDB 取得蛋白質結構
    • 運用 ChEMBL 化合物數據分析分子交互作用
    • 使用整合的機器學習模型預測結合親和力
    • 為治療開發產生研究假設

人類遺傳學與基因體研究

  • 從人類遺傳學到機制（從變異到基因到路徑）
  • 範例提示：

從第二型糖尿病的 GWAS 命中結果出發，將變異對應到候選基因，整理功能註解及組織表現的摘要，並回傳附有支持性參考文獻與原始資料來源連結的富集路徑。

  • 工作流程： 由 ToolUniverse 驅動的 AI 科學家：
    • 在 GWAS Catalog 中搜尋與疾病相關的基因變異
    • 使用 Ensembl 及 NCBI 資料庫將 SNP 對應到基因
    • 從 Gene Ontology 取得功能註解
    • 使用 GTEx 數據分析組織特異性表現
    • 使用 KEGG 及 Reactome 識別生物路徑

文獻與多模態證據綜整

  • 範例提示：

在 PubMed 及 Europe PMC 中搜尋近期的 CRISPR 脫靶偵測方法，萃取關鍵的實驗設定及回報的失敗模式，並產出附有引文的結構化比較表。

  • 工作流程： 由 ToolUniverse 驅動的 AI 科學家：
    • 進行多資料庫文獻搜尋（PubMed、Europe PMC、bioRxiv）
    • 自動化論文摘要與關鍵發現萃取
    • 使用 Semantic Scholar 進行引文網路分析
    • 透過時間序列分析進行趨勢識別
    • 與 ClinicalTrials.gov 的臨床試驗數據進行交叉比對

化學與分子分析

  • 範例提示：

使用 ToolUniverse 的 OpenFDA 及 ADMET-AI 工具，分析 FDA 核准的高血壓藥物的分子特性，預測其 ADMET 概況，並識別潛在的副作用模式。

  • 工作流程：由 ToolUniverse 驅動的 AI 科學家：
    • 查詢 FDA 藥物資料庫以取得核准藥物
    • 計算分子描述子及特性
    • 使用 ADMET-AI 模型預測藥物動力學概況
    • 分析結構-活性關係
    • 識別潛在的藥物再利用機會

多工具研究的科學發現與自動化

  • 範例提示：

建立一個可重複使用的工作流程，平行執行多項文獻搜尋、整合結果並產出可重現的報告。請將此工作流程作為一個組合工具回傳，並附上明確的輸入與輸出。使用 ToolUniverse 的 UniProt、PRIDE 及 KEGG 路徑工具，設計一套完整的蛋白質體學工作流程：從利用質譜數據進行蛋白質鑑定，到功能分析與路徑對應。

  • 工作流程： 由 ToolUniverse 驅動的 AI 科學家：
    • 整合多模態蛋白質體學資料庫（UniProt、PRIDE）
    • 自動化蛋白質體學讀值的數據處理及品質控制
    • 為蛋白質功能加上註解並進行路徑分析
    • 完成統計分析並產生互動式視覺化圖表
    • 產生附有摘要的報告

示範與文件

現場示範

文件與教學

文件可於 ToolUniverse Documentation 取得，內容涵蓋安裝、使用方式及進階功能，包括一份 5 分鐘即可完成設定並立即體驗科學工具的快速入門教學，以及與大型語言模型、AI 代理人及推理模型整合的指南。

社群資源

您可透過我們的 Slack 社群取得同儕支援與協作的社群資源，並透過 GitHub Issues 回報錯誤及提出功能需求。