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在 Claude 中使用 Owkin Connector

設定並使用 Owkin 與 Claude 的整合，以存取 Pathology Explorer，這是一個 Owkin AI 代理程式，能將 H&E 病理切片轉換為可查詢的洞見，用於藥物研發與臨床研究。

15 分鐘Claude
開啟 Claude

Owkin connector 驅動 Pathology Explorer，這是一個 Owkin AI 代理程式，能將 H&E 病理切片轉換為可查詢的洞見，用於藥物研發與臨床研究。本文說明如何設定並使用 Owkin 與 Claude 的整合，以加速以病理學為驅動的研究。

Owkin 整合依賴於 Claude 使用遠端 connector 的能力。

此整合提供的功能

Owkin 為生物學建構 AI 代理程式，以加速藥物研發，並降低臨床試驗的風險並加速其進行。Owkin connector 讓 Claude 能夠存取 Pathology Explorer，這是一個 Owkin 代理程式，能將 TCGA 資料庫中的 H&E 切片轉換為細緻、可查詢的洞見。研究人員可以使用它自動偵測病理影像中的細胞類型、對腫瘤微環境進行空間分析，並透過世代層級的存活分析驗證假設，從而加速並降低藥物研發的風險。

Pathology Explorer 提供一系列功能，讓 Claude 能夠分析組織病理學切片。以下是該模型所提供之切片層級特徵的詳細說明。

計數與密度特徵

針對每種細胞類型（淋巴球、嗜中性球、漿細胞、纖維母細胞、嗜酸性球、癌細胞），此模型提供：

  • count_{cell_type}：在切片中偵測到之指定類型細胞的總數。
  • global_density_{cell_type}：指定細胞類型在組織單位面積內的密度。

細胞核的形態特徵

針對每種細胞類型，此模型提供：

  • mean_area_{cell_type}：切片中指定細胞類型細胞核的平均面積。
  • mean_circularity_{cell_type}：切片中指定細胞類型細胞核的平均圓度。
  • mean_perimeter_{cell_type}：切片中指定細胞類型細胞核的平均周長。

空間組織特徵

針對三種類型的區域（腫瘤、腫瘤核心與腫瘤核心基質），此模型針對每種細胞類型提供：

  • density_{cell_type}_in_{region}：指定細胞類型在指定區域內的密度。

針對每個區域，此模型也提供：

  • area_{region}：切片中指定區域的面積。

此外，針對一組具生物學相關性的細胞與細胞間交互作用，此模型提供：

  • average_co_occurrence_{cell_type}_{cell_type2}_rad_20.0um：兩種指定細胞類型的細胞核在 20 微米半徑範圍內的平均共現率。

此模型也會計算 tils_diffusivity，這是用於量化切片中腫瘤浸潤淋巴球擴散性的指標。

資料集中可用的世代

這些特徵可於以下 TCGA 世代中使用：

  • TCGA_ACC
  • TCGA_BLCA
  • TCGA_BRCA
  • TCGA_CESC
  • TCGA_CHOL
  • TCGA_COAD
  • TCGA_DLBC
  • TCGA_ESCA
  • TCGA_HNSC
  • TCGA_KICH
  • TCGA_KIRC
  • TCGA_KIRP
  • TCGA_LIHC
  • TCGA_LUAD
  • TCGA_LUSC
  • TCGA_MESO
  • TCGA_OV
  • TCGA_PAAD
  • TCGA_PRAD
  • TCGA_READ
  • TCGA_SARC
  • TCGA_STAD
  • TCGA_THCA
  • TCGA_THYM
  • TCGA_UCEC
  • TCGA_UCS

誰應該使用 Owkin 整合

製藥研究人員與醫療保健提供者（僅供研究使用），例如：

  • 轉譯醫學與免疫腫瘤學研究人員
  • 新藥研發團隊
  • 藥物開發與生物標記物探索團隊
  • 數位病理學研究團隊
  • 伴隨診斷開發團隊

誰可以存取 Owkin 整合

存取此 connector 的先決條件為：

有關存取此整合的更多詳細資訊，請參閱 Owkin 的 MCP 伺服器文件。

設定 Owkin 整合

對於組織擁有者（Team 與 Enterprise）

  1. 前往「管理設定」>「Connectors」
  2. 點選「瀏覽 connector」
  3. 點選「Owkin」
  4. 點選「新增至您的團隊」

對於個人 Claude 使用者

  1. 前往「設定」>「Connectors」
  2. 找到「Owkin」
  3. 點選「連接」
  4. 依照指示輸入您的 Owkin 認證資訊以進行驗證

了解如何在 Claude 中尋找並連接工具。

對於 Claude Code 使用者

  1. 依照上述步驟在 Claude 中連接 Owkin
  2. 使用相同的 Claude 帳戶登入 Claude Code（執行 /login 以切換帳戶），然後重新啟動 Claude Code
  3. 執行 /mcp 並確認該 connector 出現在清單的 claude.ai 區段中（若未顯示，請在該區段結尾選取顯示未使用的 connector）

了解如何在 Claude Code 中使用來自 Claude 的 connector。

有關 Owkin 整合的技術詳細資訊，請參閱 Owkin 的 MCP 伺服器文件。

範例使用情境

精準化患者分層。 透過對 6 種不同細胞類型（包括嗜中性球與嗜酸性球等尚未充分研究的族群）進行細緻剖析，找出一般模型會忽略的患者子群。運用空間組織分析來描繪超越單純計數的腫瘤微環境（TME）結構與表型特徵。

範例提示：

我正在尋找可能對免疫療法產生抗性的肺腺癌患者。在 TCGA 世代中，是否有免疫浸潤較低的病例？

視覺化整張切片影像。 透過直接在聊天介面中擷取整張切片影像，建立對模型輸出的信心。

範例提示：

從 TCGA_BRCA 世代中找出嗜酸性球最富集的切片並繪製出來。

評估以 H&E 為基礎之標記物的預後價值。 透過根據特定細胞密度或空間分數等特徵對患者進行分組，並對您的世代執行存活分析，來驗證臨床假設。

範例提示：

漿細胞密度是否與膀胱癌的整體存活率有關聯？

擷取量化證據以確保可重現性。 透過擷取底層原始資料以進行獨立驗證或後續分析，建立對 AI 生成洞見的信任。

範例提示：

請將患者 TCGA-A2-A0YI-01Z-00-DX1.1CF2EC2D-C722-467F-8832-409B823E8D8F.svs 的所有細胞類型明細以 parquet 格式匯出，讓我可以重現此分析。

了解 Owkin 的 Pathology Explorer 功能與背景資訊。 透過直接查詢其技術規格，深入了解該模型的運作透明度。了解支援的細胞類型、泛癌症訓練資料集等，以確保此模型適合您的研究問題。

範例提示：

您能否提供 Owkin 的 Pathology Explorer 模型及其功能的概述？