在 Claude 中使用 ChEMBL 連接器

ChEMBL 連接器讓 Claude 能夠存取 EMBL-EBI 的 ChEMBL 資料庫，這是一個人工審核整理的資料庫，收錄具有類藥物特性的生物活性分子、其生物標靶以及定量活性測量數據。本文說明如何設定並使用 Claude 的 ChEMBL 整合，透過生物活性化合物數據加速藥物開發。

ChEMBL 整合依賴於 Claude 使用遠端連接器的能力。

此整合提供的功能

此整合將 Claude 連接至最新版本的 ChEMBL，這是由歐洲生物資訊學研究所（EMBL-EBI）維護的歐洲領先開放取用藥物開發資料庫。ChEMBL 收錄超過 200 萬種生物活性化合物、1,500 萬筆以上的活性測量數據，以及來自 76,000 多篇科學出版物的數據，使其成為計算藥物開發、標靶鑑定與製藥研究的重要資源。

此連接器提供六種主要的工具呼叫，可存取 ChEMBL 資料庫的不同面向。

• compound_search 讓使用者能依名稱、ChEMBL ID 或化學結構（SMILES）尋找分子，並回傳包含分子特性、同義詞、核准狀態以及 ATC 分類在內的完整數據。
• target_search 依名稱、基因符號或生物體查詢生物標靶（蛋白質、酵素、受體），提供蛋白質登錄號、基因本體論（Gene Ontology）註解，以及與 UniProt 等其他資料庫的交叉參照。
• get_bioactivity 擷取化合物與標靶交互作用的定量活性測量數據（IC50、EC50、Ki、Kd 值），包括檢測描述、pChEMBL 分數、信賴等級，以及來自同儕審查期刊的文獻參考資料。
• get_mechanism 存取經核准藥物的人工審核作用機制數據，詳述化合物如何與其生物標靶互動（例如「環氧化酶抑制劑」），包含作用類型（INHIBITOR、AGONIST、ANTAGONIST）及佐證參考資料。
• drug_search 使用 MeSH 疾病術語，依治療適應症尋找經核准藥物與臨床候選藥物，回傳藥物的開發階段、核准日期以及安全警示。
• get_admet 提供對藥物相似性評估至關重要的計算分子特性，包括親脂性（ALogP）、極性表面積、氫鍵供體／受體、五規則（Rule of Five）違反情形，以及 QED 藥物相似性分數。

在供應方面，此連接器查詢 ChEMBL 的 RESTful API 與 SQL 資料庫，其中包含從藥物化學文獻、臨床試驗資料庫及高通量篩選活動中擷取的標準化、人工審核數據。所有生物活性數據皆包含信賴分數、數據有效性標記，以及可追溯至原始出版物的完整來源紀錄。

誰應該使用 ChEMBL 整合

• 藥物化學家： 透過分析結構活性關係（SAR）、依藥物相似性準則檢查分子特性，以及尋找具有更佳效力或選擇性的結構類似物，來設計並優化先導化合物。
• 藥理學家： 研究藥物作用機制、辨識多重藥理學風險、發現脫靶效應，並透過檢視跨蛋白質家族的生物活性概況來驗證治療標靶。
• 計算生物學家與化學資訊學家： 建立活性預測的機器學習模型、進行虛擬篩選活動、訓練 QSAR 模型，並在化學空間中進行大規模數據探勘。
• 藥物開發科學家： 鑑定經驗證的藥物標靶、尋找從苗頭化合物到先導化合物優化的化學起點、對標競爭對手化合物，並透過分析治療領域中的核准藥物來評估操作自由度。
• 學術研究人員： 調查藥物再利用機會、研究藥物標靶間的演化關係、分析臨床開發成功率，並依既有生物活性數據驗證研究發現。
• 製藥專案團隊： 對藥物開發管線進行競爭情報分析、分析臨床試驗設計的終點、評估標靶可成藥性，並在開發早期評估 ADMET 相關風險。

設定 ChEMBL 整合

適用於組織擁有者（Team 和 Enterprise 方案）

1. 前往「管理員設定」>「連接器」
2. 點選「瀏覽連接器」
3. 點選「ChEMBL」
4. 點選「新增至您的團隊」

適用於個人 Claude 使用者

1. 前往「設定」>「連接器」
2. 尋找「ChEMBL」
3. 點選「連接」

深入了解如何在 Claude 中尋找並連接工具。

適用於 Claude Code 使用者

1. 依照上述步驟在 Claude 中連接 ChEMBL
2. 使用相同的 Claude 帳號登入 Claude Code（執行 /login 以切換帳號），然後重新啟動 Claude Code
3. 執行 /mcp 並確認該連接器出現在清單中的 claude.ai 區塊內（若未顯示，請在該區塊末端選取顯示未使用的連接器）

深入了解如何在 Claude Code 中使用來自 Claude 的連接器。

使用案例範例

以標靶為基礎的藥物開發

• 情境：為感興趣的治療標靶尋找經驗證的化合物
• 範例提示：

化合物優化與 SAR 分析

• 情境：透過研究結構活性關係來改善先導化合物特性
• 範例提示：

競爭情報與藥物再利用

• 情境：分析治療領域現況並尋找重新定位的機會
• 範例提示：