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在 Claude 中使用 Owkin 连接器

设置并使用 Claude 与 Owkin 的集成，以访问 Pathology Explorer——一个将 H&E 病理切片转化为可查询洞察的 Owkin AI 代理，用于药物发现与临床研究。

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Owkin 连接器为 Pathology Explorer 提供支持——这是一个将 H&E 病理切片转化为可查询洞察的 Owkin AI 代理，用于药物发现、开发以及临床研究。本文介绍如何设置并使用 Claude 与 Owkin 的集成，以加速以病理学为驱动的研究。

Owkin 集成依赖于 Claude 使用远程连接器的能力。

该集成提供的功能

Owkin 为生物学构建 AI 代理，以加速药物发现、降低并加速临床试验的风险。Owkin 连接器使 Claude 能够访问 Pathology Explorer，这是一个 Owkin 代理，可将来自 TCGA 数据库的 H&E 切片转化为精细的、可查询的洞察。研究人员可以使用它自动从病理图像中检测细胞类型、对肿瘤微环境进行空间分析，并通过队列层面的生存分析来验证假设，从而加速药物发现与开发并降低其风险。

Pathology Explorer 提供一系列功能，使 Claude 能够分析组织病理学切片。以下是该模型所提供的切片级特征的详细说明。

计数与密度特征

对于每种细胞类型（淋巴细胞、嗜中性粒细胞、浆细胞、成纤维细胞、嗜酸性粒细胞、癌细胞），该模型提供：

  • count_{cell_type}：切片中检测到的指定类型细胞的总数。
  • global_density_{cell_type}：指定细胞类型在组织单位面积内的密度。

细胞核的形态特征

对于每种细胞类型，该模型提供：

  • mean_area_{cell_type}：切片中指定细胞类型细胞核的平均面积。
  • mean_circularity_{cell_type}：切片中指定细胞类型细胞核的平均圆度。
  • mean_perimeter_{cell_type}：切片中指定细胞类型细胞核的平均周长。

空间组织特征

对于三种类型的区域（肿瘤、肿瘤核心以及肿瘤核心基质），该模型为每种细胞类型提供：

  • density_{cell_type}_in_{region}：指定细胞类型在指定区域内的密度。

对于每个区域，该模型还提供：

  • area_{region}：切片中指定区域的面积。

此外，对于一组具有生物学相关性的细胞—细胞相互作用，该模型提供：

  • average_co_occurrence_{cell_type}_{cell_type2}_rad_20.0um：两种指定细胞类型的细胞核在 20 微米半径内的平均共现情况。

该模型还会计算 tils_diffusivity，这是一个用于量化该切片肿瘤浸润淋巴细胞扩散性的指标。

数据集中可用的队列

这些特征可在以下 TCGA 队列中使用：

  • TCGA_ACC
  • TCGA_BLCA
  • TCGA_BRCA
  • TCGA_CESC
  • TCGA_CHOL
  • TCGA_COAD
  • TCGA_DLBC
  • TCGA_ESCA
  • TCGA_HNSC
  • TCGA_KICH
  • TCGA_KIRC
  • TCGA_KIRP
  • TCGA_LIHC
  • TCGA_LUAD
  • TCGA_LUSC
  • TCGA_MESO
  • TCGA_OV
  • TCGA_PAAD
  • TCGA_PRAD
  • TCGA_READ
  • TCGA_SARC
  • TCGA_STAD
  • TCGA_THCA
  • TCGA_THYM
  • TCGA_UCEC
  • TCGA_UCS

谁应该使用 Owkin 集成

制药研究人员和医疗保健提供者（仅限研究用途），例如：

  • 转化医学和免疫肿瘤学研究人员
  • 新药发现团队
  • 药物开发和生物标志物发现团队
  • 数字病理学研究团队
  • 伴随诊断开发团队

谁可以访问 Owkin 集成

访问该连接器的前提条件是：

有关访问该集成的更多详细信息，请参阅 Owkin 的 MCP 服务器文档。

设置 Owkin 集成

对于组织所有者（团队版和企业版）

  1. 导航至“管理设置 > 连接器”
  2. 点击“浏览连接器”
  3. 点击“Owkin”
  4. 点击“添加到您的团队”

对于个人 Claude 用户

  1. 导航至“设置 > 连接器”
  2. 找到“Owkin”
  3. 点击“连接”
  4. 按照说明输入您的 Owkin 凭据以完成身份验证

了解在 Claude 中查找并连接工具。

对于 Claude Code 用户

  1. 按照上述步骤在 Claude 中连接 Owkin
  2. 使用相同的 Claude 账户登录 Claude Code（运行 /login 以切换账户），然后重新启动 Claude Code
  3. 运行 /mcp，检查该连接器是否出现在列表的 claude.ai 部分中（如果未显示，请在该部分末尾选择 Show unused connectors）

了解如何在 Claude Code 中使用来自 Claude 的连接器。

Owkin 集成的技术细节可在 Owkin 的 MCP 服务器文档中找到。

示例用例

优化患者分层。通过对 6 种不同细胞类型（包括嗜中性粒细胞和嗜酸性粒细胞等研究较少的细胞群体）的精细分析，识别出通用模型会忽略的患者亚组。利用空间组织分析来刻画肿瘤微环境（TME）结构和表型，而不仅仅是简单的计数。

示例提示：

我正在寻找可能对免疫疗法耐药的肺腺癌患者。TCGA 队列中是否存在免疫浸润较低的病例？

可视化全切片图像。通过在聊天界面中直接检索全切片图像，增强对模型输出的信心。

示例提示：

从 TCGA_BRCA 队列中找到嗜酸性粒细胞最富集的切片并绘制出来。

评估基于 H&E 标志物的预后价值。通过根据特定细胞密度或空间评分等特征对患者进行划分，对您的队列进行生存分析，从而检验临床假设。

示例提示：

浆细胞密度是否与膀胱癌的总生存期相关？

提取量化证据以确保可重复性。通过检索底层原始数据以进行独立验证或下游分析，建立对 AI 生成洞察的信任。

示例提示：

以 parquet 格式导出患者 TCGA-A2-A0YI-01Z-00-DX1.1CF2EC2D-C722-467F-8832-409B823E8D8F.svs 的所有细胞类型分解数据，以便我能重现此分析。

了解 Owkin Pathology Explorer 的功能和背景。通过直接查询模型的技术规格，获得对模型的透明了解。了解所支持的细胞类型、泛癌症训练数据集等，以确保该模型适合您的研究问题。

示例提示：

您能否概述一下 Owkin 的 Pathology Explorer 模型及其功能？