Claudeでの ToolUniverse 拡張機能の使用

ToolUniverse MCPは、大規模な仮説空間を探索し、競合する仮説を比較し、速い分析サイクルと遅い分析サイクルを反復するための、検証済みの600以上の科学ツールのライブラリへのアクセスをClaudeに提供します。この記事では、Claudeで ToolUniverse 連携をセットアップして使用する方法を説明します。

ToolUniverse 連携は、Claude Desktop App（ダウンロードはこちら）でデスクトップ拡張機能として利用可能であり、デスクトップ拡張機能によるローカルコネクタを使用するClaudeの機能に依存しています。

ToolUniverse 連携について

ToolUniverse は、研究者と協働して仮説を生成し、それを実行可能な研究計画に変換し、科学ツールを実行し、分析を継続的に更新する、科学のためのAIサイエンティストとAIエージェントを構築するためのエコシステムです。これは大規模な研究を対象とし、科学的発見を再構想します。AIサイエンティストは大規模な仮説空間を探索し、競合する仮説を比較し、単発の要約を生成する代わりに、速い分析サイクルと遅い分析サイクルを反復します。

ToolUniverse はツール使用を標準化します。これにより、AIサイエンティストはローカルのPython関数とMCPを通じて提供されるリモートサービスを介してツールを発見し、実行できます。この設計により、すべてのステップが検査可能になります。AIサイエンティストは、データセット、モデル、分析パイプラインを接続するエンドツーエンドのワークフローを構成し、次のアクションを選択する前に入力と出力を記録します。人間とAIの協働において、ToolUniverse は、新しい実験データが到着し、洞察が生成されるにつれて、仮説生成、情報探索ツール呼び出し、研究目標の実行、内部モデルの精緻化という継続的なループをサポートします。

この連携で利用可能なデータセットとサービス

ToolUniverse からの免責事項： ToolUniverse はサードパーティの科学データベースおよびサービスへのアクセスを提供します。以下に記載されているデータ、コンテンツ、サービスのすべての著作権および知的財産権は、それぞれの元のソースおよび所有者に帰属します。ToolUniverse は単なる統合プラットフォームとして機能するものであり、これらの外部リソースの正確性、完全性、または継続的な可用性について一切の責任を負いません。

ToolUniverse は、科学リソースの包括的なエコシステムへのアクセスを提供します。

生物学データベースおよび生物学的基盤モデル

• UniProt - 完全なタンパク質知識データベース
• Ensembl - ゲノムデータと注釈
• RCSB PDB - タンパク質構造データベース
• ChEMBL - 生物活性分子および創薬データベース
• NCBI データベース - GenBank、RefSeq、SNPデータベース
• Gene Ontology - 生物学的プロセス、機能、位置の注釈
• ESM - タンパク質言語モデル
• TranscriptFormer - 単一細胞基盤モデル

化学および医薬品データベース

• PubChem - 化学構造および生物活性
• DrugBank - 医薬品および薬物標的データベース
• ChEMBL - 生物活性を持つ低分子医薬品様化合物
• FDA データベース - 医薬品承認、医薬品処方情報、有害事象、医薬品の適応症・禁忌、薬物相互作用
• ClinicalTrials.gov - 臨床試験情報

文献およびナレッジベース

• PubMed - 生物医学文献データベース
• Semantic Scholar - AI駆動の文献分析
• Europe PMC - オープンアクセス生物医学文献
• OpenAlex - 包括的な学術論文データベース
• Crossref - DOI登録およびメタデータ
• OpenTargets - 体系的な創薬標的選択のための洞察

ゲノムおよび健康データ

• GTEx - 組織特異的遺伝子発現
• GWAS Catalog - ゲノムワイド関連解析研究
• ClinVar - 遺伝子変異と疾患の関係
• OMIM - オンライン・メンデル遺伝ヒト
• TCGA - がんゲノミクスデータ

リサーチツールおよびAPI

• OpenTargets - 標的と疾患の関連
• STRING - タンパク質間相互作用ネットワーク
• KEGG - パスウェイおよび疾患情報
• Reactome - 生物学的パスウェイデータベース
• InterPro - タンパク質ファミリーおよびドメイン

AIモデル、AIエージェント、基盤モデルおよび生成モデル、可視化および科学ワークフロー

• AlphaFold - タンパク質構造予測
• BLAST - 配列類似性検索
• ADMET-AI - 薬物特性予測モデル
• ChemTools - 化学情報ユーティリティ
• 可視化ツール - 分子およびデータの可視化

ToolUniverse 連携を使用すべき対象

研究者および学術関係者

仮説生成を加速し、文献レビューを自動化し、複雑な複数データベース分析を実行し、新興の実験的かつAIと人間の協働プラットフォームへ研究能力を拡張します。

製薬およびバイオテクノロジー企業

創薬開発パイプラインを合理化し、標的同定を強化し、化合物設計と最適化を改善し、バーチャル創薬スクリーニングを行い、レポート作成と標的評価、リスク低減、検証を加速します。

ヘルスケア組織

プレシジョンメディシンの取り組みを強化し、患者選択を伴う臨床試験のデザインと最適化を支援し、薬理ゲノミクス研究を促進し、患者層別化戦略を改善し、マルチモーダルな医療データセットから予後および予測バイオマーカーを抽出します。

データサイエンティスト、MLエンジニア、プラットフォームおよびインフラストラクチャエンジニア

カスタム開発なしでドメイン固有のツールにアクセスし、科学のためのAIエージェントの迅速なプロトタイピングを行い、科学データをMLワークフローに統合します。

政府および規制当局

規制上の意思決定を強化し、有害事象分析を改善し、医薬品承認プロセスを加速し、包括的な安全性モニタリングを実現します。

ToolUniverse 連携にアクセスできる対象

ToolUniverse は Apache License 2.0 の下でオープンソース化されており、ToolUniverse のすべての機能への自由なアクセスを許可しています。ソースコードはGitHubで入手可能です。

連携へのアクセスに関する詳細は、ToolUniverseのMCPサーバードキュメントに記載されています。

ToolUniverse 連携のセットアップ

ToolUniverse 連携は、Claude Desktop App（ダウンロードはこちら）でデスクトップ拡張機能として利用可能です。組織のオーナー（TeamおよびEnterprise）の場合、連携のセットアップには拡張機能を組織内で利用可能にする作業が含まれます。個人ユーザーの場合、連携のセットアップには Claude Desktop App 内から拡張機能をインストールする作業が含まれます。

組織のオーナー（TeamおよびEnterprise）の場合

組織がデスクトップ拡張機能の許可リスト（つまり、ユーザーがアクセスできるデスクトップ拡張機能を制限する機能）を使用している場合…

1. 管理設定 > コネクタに移動します
2. 上部の「デスクトップ」タブをクリックします
3. 「許可リスト」がオンに切り替わっていることを確認します
4. 「参照」ボタンをクリックします
5. 検索フィールドに「ToolUniverse」と入力します
6. ToolUniverse をクリックします
7. 「チームに追加」をクリックします
8. 以下の個人のClaudeユーザー向けの手順に従って、連携にアクセスするために Claude Desktop App をダウンロードするようチームに指示します

組織がデスクトップ拡張機能の許可リスト（つまり、ユーザーがアクセスできるデスクトップ拡張機能を制限する機能）を使用していない場合…

1. 管理設定 > コネクタに移動します
2. 上部の「デスクトップ」タブをクリックします
3. 「許可リスト」がオフに切り替わっていることを確認します
4. 許可リストがオフに切り替わっている場合、組織内のすべてのユーザーは、以下の個人のClaudeユーザー向けの手順を使用して、すでにデスクトップ拡張機能ディレクトリにアクセスできます

個人のClaudeユーザーの場合

1. Claude Desktop App をダウンロードします
2. Claude Desktop App で、設定 > 拡張機能に移動します
3. 「拡張機能を参照」をクリックします
4. 「ToolUniverse」をクリックします
5. 「インストール」をクリックします

ディレクトリからデスクトップ拡張機能をインストールする方法について学びましょう。

Claude Codeユーザーの場合

Claude Code向けのToolUniverseガイドに従ってください。

ToolUniverse 連携の技術的な詳細は、ToolUniverseのMCPサーバードキュメントに記載されています。

使用例

創薬および治療法開発

• 治療法発見および標的から候補へのワークフロー
• サンプルプロンプト：

• ワークフロー： ToolUniverse を活用したAIサイエンティストは以下を行います：
  • OpenTargets APIを使用して疾患と標的の関連をクエリ
  • RCSB PDBからタンパク質構造を取得
  • ChEMBL化合物データで分子相互作用を分析
  • 統合MLモデルを使用して結合親和性を予測
  • 治療法開発のための研究仮説を生成

ヒト遺伝学およびゲノム研究

• ヒト遺伝学からメカニズムへ（バリアントから遺伝子、パスウェイへ）
• サンプルプロンプト：

• ワークフロー： ToolUniverse を活用したAIサイエンティストは以下を行います：
  • 疾患関連の遺伝的バリアントについてGWASカタログを検索
  • EnsemblおよびNCBIデータベースを使用してSNPを遺伝子にマッピング
  • Gene Ontologyから機能的注釈を取得
  • GTExデータを使用して組織特異的発現を分析
  • KEGGおよびReactomeを使用して生物学的パスウェイを特定

文献およびマルチモーダルエビデンスの統合

• サンプルプロンプト：

• ワークフロー： ToolUniverse を活用したAIサイエンティストは以下を行います：
  • 複数データベース（PubMed、Europe PMC、bioRxiv）にまたがる文献検索
  • 論文の自動要約と主要な発見の抽出
  • Semantic Scholarを使用した引用ネットワーク分析
  • 時系列分析によるトレンド特定
  • ClinicalTrials.govの臨床試験データとの相互参照

化学および分子分析

• サンプルプロンプト：

• ワークフロー：ToolUniverse を活用したAIサイエンティストは以下を行います：
  • FDA医薬品データベースで承認済み医薬品をクエリ
  • 分子記述子と特性を計算
  • ADMET-AIモデルを使用して薬物動態プロファイルを予測
  • 構造活性相関を分析
  • 潜在的な医薬品再利用の機会を特定

複数ツールによる研究のための科学的発見と自動化

• サンプルプロンプト：

• ワークフロー： ToolUniverse を活用したAIサイエンティストは以下を行います：
  • マルチモーダルなプロテオミクスデータベース（UniProt、PRIDE）を統合
  • プロテオミクス測定値のデータ処理と品質管理を自動化
  • タンパク質機能に注釈を付け、パスウェイ分析を実行
  • 統計分析を完了し、インタラクティブな可視化を生成
  • 要約を含むレポートを生成

デモとドキュメント

ライブデモンストレーション

• インタラクティブなWebプラットフォーム： AIScientist.Tools - 700以上の科学ツールを探索するためのライブツール発見・実行インターフェース
• ビデオデモンストレーション： YouTubeで視聴可能
• GitHubリポジトリ： GitHub上のToolUniverse - 797以上のスターを獲得した完全なソースコード、ドキュメント、コミュニティ

ドキュメントとチュートリアル

ToolUniverseドキュメントでは、インストール、使用方法、高度な機能について説明しています。5分でセットアップできるクイックスタートチュートリアルや、すぐに科学ツールを試せる実践、大規模言語モデル、AIエージェント、推論モデルとの統合ガイドも含まれています。

コミュニティリソース

ピアサポートと協働のためのSlackコミュニティ、バグ報告や機能リクエストのためのGitHub Issuesを通じて、コミュニティリソースにアクセスできます。