Claude Academy
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ClaudeでOwkinコネクタを使用する

ClaudeとOwkinの統合を設定して使用し、H&E病理スライドを創薬や臨床研究のための検索可能な知見に変換するOwkin AIエージェントである Pathology Explorerにアクセスします。

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Owkinコネクタは、H&E病理スライドを創薬・開発および臨床研究のための検索可能な知見に変換するOwkin AIエージェントであるPathology Explorerを支えています。この記事では、病理学主導の研究を加速するために、ClaudeでOwkinの統合を設定し使用する方法を説明します。

Owkinの統合は、リモートコネクタを使用するというClaudeの機能に依存しています。

この統合が提供するもの

Owkinは、創薬を加速し、臨床試験のリスクを低減・迅速化するために、生物学向けのAIエージェントを構築しています。Owkinコネクタにより、ClaudeはTCGAデータベースのH&Eスライドを詳細で検索可能な知見に変換するOwkinエージェント、Pathology Explorerにアクセスできるようになります。研究者はこれを使用して、病理画像から細胞タイプを自動検出したり、腫瘍微小環境を空間的に解析したり、コホートレベルの生存解析によって仮説を検証したりでき、創薬・開発の加速とリスク低減につながります。

Pathology Explorerはさまざまな機能を提供しており、Claudeが組織病理学的スライドを解析できるようにします。以下は、このモデルが提供するスライドレベルの特徴量の詳細な説明です。

カウントおよび密度の特徴量

各細胞タイプ（リンパ球、好中球、形質細胞、線維芽細胞、好酸球、がん細胞）について、モデルは以下を提供します。

  • count_{cell_type}: スライド内で検出された指定細胞タイプの細胞の総数。
  • global_density_{cell_type}: 組織の単位面積あたりの指定細胞タイプの密度。

核の形態学的特徴量

各細胞タイプについて、モデルは以下を提供します。

  • mean_area_{cell_type}: スライド内の指定細胞タイプの核の平均面積。
  • mean_circularity_{cell_type}: スライド内の指定細胞タイプの核の平均円形度。
  • mean_perimeter_{cell_type}: スライド内の指定細胞タイプの核の平均周囲長。

空間構成の特徴量

3種類の領域（腫瘍、腫瘍コア、腫瘍コア間質）について、モデルは各細胞タイプごとに以下を提供します。

  • density_{cell_type}_in_{region}: 指定領域内における指定細胞タイプの密度。

各領域について、モデルは以下も提供します。

  • area_{region}: スライド内の指定領域の面積。

さらに、生物学的に関連性のある細胞間相互作用の一部について、モデルは以下を提供します。

  • average_co_occurrence_{cell_type}_{cell_type2}_rad_20.0um: 半径20マイクロメートル以内における、指定された2つの細胞タイプの核の平均共起率。

また、このモデルはtils_diffusivityも算出します。これは、スライドにおける腫瘍浸潤リンパ球の拡散性を定量化する指標です。

データセットから利用可能なコホート

これらの特徴量は、以下のTCGAコホートで利用可能です。

  • TCGA_ACC
  • TCGA_BLCA
  • TCGA_BRCA
  • TCGA_CESC
  • TCGA_CHOL
  • TCGA_COAD
  • TCGA_DLBC
  • TCGA_ESCA
  • TCGA_HNSC
  • TCGA_KICH
  • TCGA_KIRC
  • TCGA_KIRP
  • TCGA_LIHC
  • TCGA_LUAD
  • TCGA_LUSC
  • TCGA_MESO
  • TCGA_OV
  • TCGA_PAAD
  • TCGA_PRAD
  • TCGA_READ
  • TCGA_SARC
  • TCGA_STAD
  • TCGA_THCA
  • TCGA_THYM
  • TCGA_UCEC
  • TCGA_UCS

Owkinの統合を使用すべき対象

製薬業界の研究者およびヘルスケア提供者（研究用途限定）、例えば以下のような方々です。

  • トランスレーショナルリサーチおよび腫瘍免疫学の研究者
  • 新規創薬チーム
  • 薬剤開発およびバイオマーカー発見チーム
  • デジタル病理学の研究グループ
  • コンパニオン診断薬開発グループ

Owkinの統合にアクセスできる対象

このコネクタにアクセスするための前提条件は以下のとおりです。

この統合へのアクセスに関する詳細は、OwkinのMCPサーバードキュメントを参照してください。

Owkinの統合を設定する

組織オーナー向け（TeamおよびEnterprise）

  1. 管理者設定 > コネクタに移動します
  2. 「コネクタを閲覧」をクリックします
  3. 「Owkin」をクリックします
  4. 「チームに追加」をクリックします

個人のClaudeユーザー向け

  1. 設定 > コネクタに移動します
  2. 「Owkin」を見つけます
  3. 「接続」をクリックします
  4. 指示に従ってOwkinの認証情報を入力し、認証を行います

Claudeにおけるツールの検索と接続について詳しくはこちらをご覧ください。

Claude Codeユーザー向け

  1. 上記の手順に従って、ClaudeでOwkinを接続します
  2. 同じClaudeアカウントでClaude Codeにサインインし（アカウントを切り替えるには/loginを実行します）、Claude Codeを再起動します
  3. /mcpを実行し、リストのclaude.aiセクションにこのコネクタが表示されていることを確認します（表示されていない場合は、そのセクションの末尾にあるShow unused connectorsを選択します）

Claude CodeでClaudeからコネクタを使用する方法について詳しくはこちらをご覧ください。

Owkinの統合に関する技術的な詳細は、OwkinのMCPサーバードキュメントを参照してください。

使用例

患者層別化の精緻化。 6種類の異なる細胞タイプ（好中球や好酸球のような、研究が十分に進んでいない集団を含む）の詳細なプロファイリングを通じて、汎用モデルでは見逃されてしまう患者サブグループを特定します。空間構成解析を活用することで、単純なカウントを超えてTME構造や表現型を特徴付けます。

プロンプトの例：

免疫療法に抵抗性を示す可能性のある肺腺がん患者を探しています。TCGAコホートの中に、免疫浸潤が低い症例はありますか？

全スライド画像を可視化する。 チャットインターフェース内で直接全スライド画像を取得することで、モデルの出力に対する信頼性を高めます。

プロンプトの例：

コホートTCGA_BRCAの中から、好酸球が最も豊富なスライドを見つけてプロットしてください。

H&Eベースのマーカーの予後価値を評価する。 特定の細胞密度や空間スコアなどの特徴量に基づいて患者を分類し、コホートに対して生存解析を実行することで、臨床的仮説を検証します。

プロンプトの例：

膀胱がんにおいて、形質細胞の密度は全生存期間と関連がありますか？

再現性のための定量的エビデンスを抽出する。 独立した検証や下流の解析のために基礎となる生データを取得することで、AIが生成した知見への信頼性を高めます。

プロンプトの例：

この解析を再現できるように、患者TCGA-A2-A0YI-01Z-00-DX1.1CF2EC2D-C722-467F-8832-409B823E8D8F.svsのすべての細胞タイプの内訳をparquet形式でエクスポートしてください。

OwkinのPathology Explorerの機能と背景を理解する。 モデルの技術仕様を直接照会することで、モデルに対する透明性を高めます。サポートされている細胞タイプやパンキャンサーの学習データセットなどについて学び、そのモデルがあなたの研究課題に適しているかを確認します。

プロンプトの例：

OwkinのPathology Explorerモデルとその機能について概要を教えていただけますか？