Claudeで10x Genomics拡張機能を使用する

10x Genomicsインテグレーションは、シングルセル解析と空間解析をシンプルな会話形式のワークフローに変えます。生物学者は自身のシーケンシングデータを簡単に解析でき、コアラボはバッチ処理を迅速に実行できます。この記事では、10x GenomicsインテグレーションをClaudeでセットアップして使用し、解析ワークフローを進める方法を説明します。

10x Genomicsインテグレーションは、Claude Desktop App（こちらからダウンロード）のデスクトップ拡張機能として利用でき、Claudeがデスクトップ拡張機能経由でローカルコネクタを使用する機能に依存しています。

このインテグレーションが提供するもの

10x Genomicsインテグレーションにより、研究者はClaudeとの会話を通じてシングルセルゲノミクス解析ワークフローを作成・管理できます。ユーザーは、コマンドラインツールやWebインターフェースの代わりに自然言語のプロンプトを使用して、データをアップロードし、Cell Rangerパイプラインを設定・起動し、解析ステータスを監視し、結果をダウンロードできます。このインテグレーションは、会話形式のリクエストを10x Cloud Analysisプラットフォーム上のアクションに変換し、遺伝子発現、セルマルチプレキシング、CRISPRスクリーニング解析のワークフローを効率化します。

10x Genomicsインテグレーションを使用すべき人

• 計算生物学者： シングルセルゲノミクスデータを解析し、クラウドベースの解析ワークフローを効率化したい研究者

• バイオインフォマティシャン： 複数のサンプルを処理し、効率的なバッチ処理機能を必要とする科学者

• 研究科学者： シングルセルデータを生成し、標準パイプラインを実行するための直感的なインターフェースを求めるラボの研究者

• コア施設マネージャー： 複数の研究グループのためにサンプルを処理し、多数の解析を管理する必要があるスタッフ

10x Genomicsインテグレーションにアクセスできる人

10x Cloud Analysisアカウントを持つすべてのユーザー（無料アカウントはこちらで作成）

インテグレーションへのアクセスに関する詳細は、10x Genomics MCPサーバードキュメントをご覧ください。

10x Genomicsインテグレーションのセットアップ

10x Genomicsインテグレーションは、Claude Desktop App（こちらからダウンロード）のデスクトップ拡張機能として利用できます。組織オーナー（TeamおよびEnterprise）の場合、インテグレーションのセットアップには、拡張機能を組織で利用可能にすることが含まれます。個人ユーザーの場合、インテグレーションのセットアップには、Claude Desktop App内から拡張機能をインストールすることが含まれます。

組織オーナー（TeamおよびEnterprise）の場合

組織がデスクトップ拡張機能の許可リストを使用している場合（つまり、ユーザーがアクセスできるデスクトップ拡張機能を制限している場合）…

1. 管理設定 > コネクタに移動します
2. 上部の「デスクトップ」タブをクリックします
3. 「許可リスト」がオンに切り替わっていることを確認します
4. 「参照」ボタンをクリックします
5. 検索フィールドに「10x Genomics」と入力します
6. 10x Genomicsをクリックします
7. 「チームに追加」をクリックします
8. チームにClaude Desktop Appをダウンロードするよう指示し、以下の個人Claudeユーザー向けの手順に従ってインテグレーションにアクセスしてもらいます

組織がデスクトップ拡張機能の許可リストを使用していない場合（つまり、ユーザーがアクセスできるデスクトップ拡張機能を制限していない場合）…

1. 管理設定 > コネクタに移動します
2. 上部の「デスクトップ」タブをクリックします
3. 「許可リスト」がオフに切り替わっていることを確認します
4. 許可リストがオフになっている場合、組織内のすべてのユーザーは、以下の個人Claudeユーザー向けの手順を使用して、すでにデスクトップ拡張機能ディレクトリにアクセスできます

個人Claudeユーザーの場合

1. Claude Desktop Appをダウンロードします
2. Claude Desktop Appで、設定 > 拡張機能に移動します
3. 「拡張機能を参照」をクリックします
4. 「10x Genomics」をクリックします
5. 「インストール」をクリックします
6. 指示に従って10x Cloud Analysisアカウントで認証します

ディレクトリからデスクトップ拡張機能をインストールする方法について詳しく学びます。

一般的なユースケース

• Cell Rangerカウント解析をセットアップする

• マルチプレキシングを伴うCell Rangerマルチ解析をセットアップする

• 複数のサンプルをバッチ処理する

• 解析結果を監視してダウンロードする

• QCメトリクスと結果を解釈する

サンプルプロンプトとプロンプティングのベストプラクティスについては、10x Genomics MCPサーバードキュメントをご覧ください。

10x Genomicsのその他のリソース

• 10x Cloud Analysisサポート

• Cell Rangerドキュメント

• 10x Genomics MCPサーバードキュメント