Le MCP ToolUniverse donne à Claude accès à une bibliothèque de plus de 600 outils scientifiques validés pour explorer de vastes espaces d'hypothèses, comparer des hypothèses concurrentes et itérer à travers des cycles d'analyse rapides à lents. Cet article explique comment configurer et utiliser l'intégration ToolUniverse avec Claude.
L'intégration ToolUniverse est disponible sous forme d'extension de bureau dans l'application Claude Desktop (téléchargez-la ici(s’ouvre dans un nouvel onglet)), et elle repose sur la capacité de Claude à utiliser des connecteurs locaux via une extension de bureau(s’ouvre dans un nouvel onglet).
À propos de l'intégration ToolUniverse
ToolUniverse est un écosystème permettant de construire des scientifiques IA et des agents IA pour la science qui travaillent avec les chercheurs pour générer des hypothèses, les transformer en plans de recherche exécutables, exécuter des outils scientifiques et mettre à jour en continu les analyses. Il vise une recherche à grande échelle pour réinventer la découverte scientifique : les scientifiques IA explorent de vastes espaces d'hypothèses, comparent des hypothèses concurrentes et itèrent à travers des cycles d'analyse rapides à lents au lieu de produire des synthèses ponctuelles.
ToolUniverse standardise l'utilisation d'outils. Il permet aux scientifiques IA de découvrir et d'exécuter des outils via des fonctions Python locales et des services distants servis via MCP. Cette conception rend chaque étape inspectable : les scientifiques IA composent des flux de travail de bout en bout qui connectent des jeux de données, des modèles et des pipelines d'analyse, et enregistrent les entrées et sorties avant de choisir la prochaine action. Dans la collaboration homme-IA, ToolUniverse prend en charge une boucle continue de génération d'hypothèses, d'appels d'outils de recherche d'informations, d'exécution d'objectifs de recherche et d'affinement des modèles internes à mesure que de nouvelles données expérimentales arrivent et que des insights sont générés.
Jeux de données et services disponibles dans cette intégration
Avertissement de ToolUniverse : ToolUniverse fournit un accès à des bases de données et services scientifiques tiers. Tous les droits d'auteur et de propriété intellectuelle relatifs aux données, contenus et services listés ci-dessous appartiennent à leurs sources et propriétaires d'origine respectifs. ToolUniverse agit uniquement comme une plateforme d'intégration et n'assume aucune responsabilité quant à l'exactitude, l'exhaustivité ou la disponibilité continue de ces ressources externes.
ToolUniverse fournit un accès à un écosystème complet de ressources scientifiques :
Bases de données biologiques et modèles de fondation biologiques
- UniProt - Base de données complète de connaissances sur les protéines
- Ensembl - Données génomiques et annotations
- RCSB PDB - Base de données de structures de protéines
- ChEMBL - Base de données de molécules bioactives et de découverte de médicaments
- Bases de données NCBI - GenBank, RefSeq, base de données SNP
- Gene Ontology - Annotations de processus biologiques, de fonction et de localisation
- ESM - Modèles de langage de protéines
- TranscriptFormer - Modèles de fondation unicellulaires
Bases de données chimiques et pharmaceutiques
- PubChem - Structures chimiques et activités biologiques
- DrugBank - Base de données de médicaments et de cibles médicamenteuses
- ChEMBL - Petites molécules bioactives de type médicament
- Bases de données de la FDA - Approbation des médicaments, informations de prescription, effets indésirables, indications et contre-indications des médicaments, interactions médicamenteuses
- ClinicalTrials.gov - Informations sur les essais cliniques
Littérature et bases de connaissances
- PubMed - Base de données de littérature biomédicale
- Semantic Scholar - Analyse de littérature alimentée par l'IA
- Europe PMC - Littérature biomédicale en libre accès
- OpenAlex - Base de données complète d'ouvrages académiques
- Crossref - Enregistrement DOI et métadonnées
- OpenTargets - Insights pour la sélection systématique de cibles médicamenteuses
Données génomiques et de santé
- GTEx - Expression génique spécifique aux tissus
- GWAS Catalog - Études d'association pangénomique
- ClinVar - Variation génétique et relations avec les maladies
- OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man
- TCGA - Données de génomique du cancer
Outils de recherche et API
- OpenTargets - Associations cible-maladie
- STRING - Réseaux d'interaction protéine-protéine
- KEGG - Informations sur les voies métaboliques et les maladies
- Reactome - Base de données de voies biologiques
- InterPro - Familles et domaines de protéines
Modèles d'IA, agents IA, modèles de fondation et génératifs, visualisations et flux de travail scientifiques
- AlphaFold - Prédiction de structure de protéines
- BLAST - Recherche de similarité de séquences
- ADMET-AI - Modèles de prédiction des propriétés des médicaments
- ChemTools - Utilitaires de chimie informatique
- Outils de visualisation - Visualisation moléculaire et de données
Qui devrait utiliser l'intégration ToolUniverse
Chercheurs scientifiques et universitaires
Accélérez la génération d'hypothèses, automatisez les revues de littérature, effectuez des analyses multi-bases de données complexes et adaptez les capacités de recherche aux plateformes émergentes de collaboration expérimentale et homme-IA.
Entreprises pharmaceutiques et biotechnologiques
Rationalisez les pipelines de développement de médicaments, améliorez l'identification de cibles, optimisez la conception des composés, réalisez du criblage virtuel de médicaments, et accélérez la génération de rapports ainsi que l'évaluation, la réduction des risques et la validation des cibles.
Organisations de soins de santé
Soutenez les initiatives de médecine de précision, facilitez la conception et l'optimisation des essais cliniques avec la sélection des patients, soutenez la recherche en pharmacogénomique, améliorez les stratégies de stratification des patients, et extrayez des biomarqueurs pronostiques et prédictifs à partir de jeux de données de santé multimodaux.
Data scientists, ingénieurs ML, ingénieurs plateforme et infrastructure
Accès à des outils spécifiques à un domaine sans développement personnalisé, prototypage rapide d'agents IA pour la science, et intégration de données scientifiques dans les flux de travail ML.
Organismes publics et de réglementation
Amélioration de la prise de décision réglementaire, meilleure analyse des effets indésirables, accélération des processus d'approbation de médicaments, et surveillance complète de la sécurité.
Qui peut accéder à l'intégration ToolUniverse
ToolUniverse est open source sous licence Apache License 2.0, permettant un accès gratuit à toutes les fonctionnalités de ToolUniverse. Le code source est disponible sur GitHub(s’ouvre dans un nouvel onglet).
Plus de détails sur l'accès à l'intégration sont disponibles dans la documentation du serveur MCP de ToolUniverse(s’ouvre dans un nouvel onglet).
Configuration de l'intégration ToolUniverse
L'intégration ToolUniverse est disponible sous forme d'extension de bureau dans l'application Claude Desktop (téléchargez-la ici(s’ouvre dans un nouvel onglet)). Pour les propriétaires d'organisation (Team et Enterprise), la configuration de l'intégration consiste à rendre l'extension accessible à votre organisation. Pour les utilisateurs individuels, la configuration de l'intégration consiste à installer l'extension depuis l'application Claude Desktop.
Pour les propriétaires d'organisation (Team et Enterprise)
Si votre organisation utilise la liste d'autorisation des extensions de bureau (c'est-à-dire qu'elle restreint les extensions de bureau auxquelles les utilisateurs peuvent accéder)…
- Accédez à Paramètres d'administration > Connecteurs
- Cliquez sur l'onglet « Desktop » en haut
- Vérifiez que la « Liste d'autorisation » est activée
- Cliquez sur le bouton « Parcourir »
- Dans le champ de recherche, tapez « ToolUniverse »
- Cliquez sur ToolUniverse
- Cliquez sur « Ajouter à votre équipe »
- Demandez à votre équipe de télécharger l'application Claude Desktop(s’ouvre dans un nouvel onglet) pour accéder à l'intégration en suivant les instructions ci-dessous pour les utilisateurs individuels de Claude
Si votre organisation n'utilise pas la liste d'autorisation des extensions de bureau (c'est-à-dire qu'elle ne restreint pas les extensions de bureau auxquelles les utilisateurs peuvent accéder)…
- Accédez à Paramètres d'administration > Connecteurs
- Cliquez sur l'onglet « Desktop » en haut
- Vérifiez que la « Liste d'autorisation » est désactivée
- Si la liste d'autorisation est désactivée, tous les utilisateurs de votre organisation pourront déjà accéder au répertoire des extensions de bureau en suivant les instructions ci-dessous pour les utilisateurs individuels de Claude
Pour les utilisateurs individuels de Claude
- Téléchargez l'application Claude Desktop(s’ouvre dans un nouvel onglet)
- Dans l'application Claude Desktop, accédez à Paramètres > Extensions
- Cliquez sur « Parcourir les extensions »
- Cliquez sur « ToolUniverse »
- Cliquez sur « Installer »
Découvrez comment installer des extensions de bureau depuis le répertoire(s’ouvre dans un nouvel onglet).
Pour les utilisateurs de Claude Code
Suivez le guide ToolUniverse pour Claude Code(s’ouvre dans un nouvel onglet).
Les détails techniques de l'intégration ToolUniverse sont disponibles dans la documentation du serveur MCP de ToolUniverse(s’ouvre dans un nouvel onglet).
Exemples de cas d'usage
Découverte de médicaments et développement thérapeutique
- Découverte thérapeutique et flux de travail cible-vers-candidat
- Exemple de requête :
Identifiez des cibles pour l'hypercholestérolémie, priorisez-en une en utilisant les preuves d'OpenTargets et de la littérature, puis criblez les médicaments connus et leurs analogues proches, et classez les candidats selon les compromis de liaison prédite et d'ADMET. Fournissez les preuves intermédiaires et une liste restreinte finale.
- Flux de travail : Les scientifiques IA alimentés par ToolUniverse :
- Interrogent les associations maladie-cible à l'aide de l'API OpenTargets
- Récupèrent les structures protéiques depuis RCSB PDB
- Analysent les interactions moléculaires avec les données de composés ChEMBL
- Prédisent les affinités de liaison à l'aide de modèles ML intégrés
- Génèrent des hypothèses de recherche pour le développement thérapeutique
Génétique humaine et recherche génomique
- De la génétique humaine au mécanisme (variant-vers-gène-vers-voie)
- Exemple de requête :
À partir des résultats GWAS pour le diabète de type 2, cartographiez les variants vers des gènes candidats, résumez les annotations fonctionnelles et l'expression tissulaire, et retournez les voies enrichies avec les références à l'appui et des liens vers les sources primaires.
- Flux de travail : Les scientifiques IA alimentés par ToolUniverse :
- Recherchent dans le catalogue GWAS les variants génétiques associés aux maladies
- Cartographient les SNP vers les gènes à l'aide d'Ensembl et des bases de données NCBI
- Récupèrent les annotations fonctionnelles depuis Gene Ontology
- Analysent l'expression spécifique aux tissus à l'aide des données GTEx
- Identifient les voies biologiques à l'aide de KEGG et Reactome
Synthèse de littérature et de preuves multimodales
- Exemple de requête :
Recherchez dans PubMed et Europe PMC les méthodes récentes de détection des effets hors cible de CRISPR, extrayez les paramètres expérimentaux clés et les modes d'échec rapportés, et produisez un tableau de comparaison structuré avec citations.
- Flux de travail : Les scientifiques IA alimentés par ToolUniverse :
- Effectuent des recherches de littérature multi-bases de données (PubMed, Europe PMC, bioRxiv)
- Résument automatiquement les articles et extraient les résultats clés
- Analysent le réseau de citations à l'aide de Semantic Scholar
- Identifient les tendances grâce à l'analyse temporelle
- Font des recoupements avec les données d'essais cliniques de ClinicalTrials.gov
Analyse chimique et moléculaire
- Exemple de requête :
En utilisant les outils OpenFDA et ADMET-AI de ToolUniverse, analysez les propriétés moléculaires des médicaments approuvés par la FDA pour l'hypertension, prédisez leurs profils ADMET, et identifiez les schémas d'effets secondaires potentiels.
- Flux de travail : Les scientifiques IA alimentés par ToolUniverse :
- Interrogent les bases de données de médicaments de la FDA pour les médicaments approuvés
- Calculent les descripteurs et propriétés moléculaires
- Prédisent les profils pharmacocinétiques à l'aide de modèles ADMET-AI
- Analysent les relations structure-activité
- Identifient les opportunités potentielles de repositionnement de médicaments
Découverte scientifique et automatisation pour des études multi-outils
- Exemple de requête :
Construisez un flux de travail réutilisable qui exécute plusieurs recherches de littérature en parallèle, consolide les résultats et produit un rapport reproductible. Retournez le flux de travail sous forme d'outil composé avec des entrées et sorties claires. En utilisant les outils UniProt, PRIDE et de voies KEGG de ToolUniverse, concevez un flux de travail protéomique complet : de l'identification des protéines à l'aide de données de spectrométrie de masse jusqu'à l'analyse fonctionnelle et la cartographie des voies.
- Flux de travail : Les scientifiques IA alimentés par ToolUniverse :
- Intègrent des bases de données protéomiques multimodales (UniProt, PRIDE)
- Automatisent le traitement des données et le contrôle qualité des résultats protéomiques
- Annotent les fonctions des protéines et effectuent une analyse des voies
- Complètent les analyses statistiques et génèrent des visualisations interactives
- Génèrent des rapports avec synthèses
Démonstrations et documentation
Démonstrations en direct
- Plateforme web interactive : AIScientist.Tools(s’ouvre dans un nouvel onglet) - Interface de découverte et d'exécution d'outils en direct permettant d'explorer plus de 700 outils scientifiques
- Démonstrations vidéo : Disponibles sur YouTube(s’ouvre dans un nouvel onglet)
- Dépôt GitHub : ToolUniverse sur GitHub(s’ouvre dans un nouvel onglet) - Code source complet, documentation, et communauté avec plus de 797 étoiles
Documentation et tutoriels
La documentation est disponible sur la documentation de ToolUniverse(s’ouvre dans un nouvel onglet) couvrant l'installation, l'utilisation et les fonctionnalités avancées, y compris un tutoriel de démarrage rapide pour une configuration en 5 minutes et une expérimentation immédiate avec les outils scientifiques, ainsi que des guides d'intégration avec les grands modèles de langage, les agents IA et les modèles de raisonnement.
Ressources communautaires
Accédez aux ressources communautaires via notre communauté Slack(s’ouvre dans un nouvel onglet) pour le soutien entre pairs et la collaboration, et via GitHub Issues(s’ouvre dans un nouvel onglet) pour signaler des bugs et demander des fonctionnalités.