Utiliser le connecteur Owkin dans Claude

Le connecteur Owkin alimente Pathology Explorer, un agent IA d'Owkin qui transforme les lames de pathologie H&E en informations interrogeables pour la découverte et le développement de médicaments ainsi que pour la recherche clinique. Cet article explique comment configurer et utiliser l'intégration Owkin avec Claude afin d'accélérer la recherche pilotée par la pathologie.

L'intégration Owkin s'appuie sur la capacité de Claude à utiliser des connecteurs distants.

Ce que fournit cette intégration

Owkin conçoit des agents IA pour la biologie afin d'accélérer la découverte de médicaments, de réduire les risques et d'accélérer les essais cliniques. Le connecteur Owkin donne à Claude accès à Pathology Explorer, un agent Owkin qui transforme les lames H&E issues de la base de données TCGA en informations granulaires et interrogeables. Les chercheurs peuvent l'utiliser pour détecter automatiquement les types cellulaires à partir d'images de pathologie, analyser spatialement les micro-environnements tumoraux et valider des hypothèses grâce à des analyses de survie au niveau des cohortes, accélérant ainsi la découverte et le développement de médicaments tout en réduisant les risques associés.

Pathology Explorer offre un éventail de capacités permettant à Claude d'analyser des lames histopathologiques. Vous trouverez ci-dessous une description détaillée des caractéristiques au niveau des lames fournies par le modèle.

Caractéristiques de comptage et de densité

Pour chaque type cellulaire (lymphocytes, neutrophiles, plasmocytes, fibroblastes, éosinophiles, cellule cancéreuse), le modèle fournit :

• count_{cell_type} : le nombre total de cellules du type spécifié détectées dans la lame.
• global_density_{cell_type} : la densité du type cellulaire spécifié par unité de surface du tissu.

Caractéristiques morphologiques du noyau

Pour chaque type cellulaire, le modèle fournit :

• mean_area_{cell_type} : la surface moyenne des noyaux du type cellulaire spécifié dans les lames.
• mean_circularity_{cell_type} : la circularité moyenne des noyaux du type cellulaire spécifié dans les lames.
• mean_perimeter_{cell_type} : le périmètre moyen des noyaux du type cellulaire spécifié dans les lames.

Caractéristiques d'organisation spatiale

Pour trois types de régions (tumeur, cœur de tumeur et stroma du cœur de tumeur), le modèle fournit pour chaque type cellulaire :

• density_{cell_type}_in_{region} : la densité du type cellulaire spécifié au sein de la région spécifiée.

Pour chaque région, le modèle fournit également :

• area_{region} : la surface de la région spécifiée dans la lame.

En outre, pour une sélection d'interactions cellule-cellule biologiquement pertinentes, le modèle fournit :

• average_co_occurrence_{cell_type}_{cell_type2}_rad_20.0um : la co-occurrence moyenne des noyaux des deux types cellulaires spécifiés dans un rayon de 20 micromètres.

Le modèle calcule également le tils_diffusivity, une métrique permettant de quantifier la diffusivité des lymphocytes infiltrant la tumeur pour la lame.

Cohortes disponibles à partir du jeu de données

Les caractéristiques sont disponibles sur les cohortes TCGA suivantes :

• TCGA_ACC
• TCGA_BLCA
• TCGA_BRCA
• TCGA_CESC
• TCGA_CHOL
• TCGA_COAD
• TCGA_DLBC
• TCGA_ESCA
• TCGA_HNSC
• TCGA_KICH
• TCGA_KIRC
• TCGA_KIRP
• TCGA_LIHC
• TCGA_LUAD
• TCGA_LUSC
• TCGA_MESO
• TCGA_OV
• TCGA_PAAD
• TCGA_PRAD
• TCGA_READ
• TCGA_SARC
• TCGA_STAD
• TCGA_THCA
• TCGA_THYM
• TCGA_UCEC
• TCGA_UCS

Qui devrait utiliser l'intégration Owkin

Les chercheurs pharmaceutiques et les prestataires de soins de santé (à usage de recherche uniquement), par exemple :

• Les chercheurs en translation et en immuno-oncologie
• Les équipes de découverte de nouveaux médicaments
• Les équipes de développement de médicaments et de découverte de biomarqueurs
• Les groupes de recherche en pathologie numérique
• Les groupes de développement de diagnostics compagnons

Qui peut accéder à l'intégration Owkin

Les prérequis pour accéder au connecteur sont :

• Un compte avec accès à la plateforme K Pro (page produit, page d'inscription)
• Un accès à Claude.ai ou Claude Desktop

Vous trouverez plus de détails sur l'accès à l'intégration dans la documentation du serveur MCP d'Owkin.

Configuration de l'intégration Owkin

Pour les propriétaires d'organisation (Team et Enterprise)

1. Accédez à Paramètres d'administration > Connecteurs
2. Cliquez sur « Parcourir les connecteurs »
3. Cliquez sur « Owkin »
4. Cliquez sur « Ajouter à votre équipe »

Pour les utilisateurs individuels de Claude

1. Accédez à Paramètres > Connecteurs
2. Trouvez « Owkin »
3. Cliquez sur « Connecter »
4. Suivez les instructions pour saisir vos identifiants Owkin afin de vous authentifier

Découvrez comment trouver et connecter des outils dans Claude.

Pour les utilisateurs de Claude Code

1. Connectez Owkin dans Claude en suivant les étapes ci-dessus
2. Connectez-vous à Claude Code avec le même compte Claude (exécutez /login pour changer de compte), puis redémarrez Claude Code
3. Exécutez /mcp et vérifiez que le connecteur apparaît dans la section claude.ai de la liste (s'il n'est pas affiché, sélectionnez Show unused connectors à la fin de cette section)

Découvrez comment utiliser des connecteurs depuis Claude dans Claude Code.

Les détails techniques de l'intégration Owkin sont disponibles dans la documentation du serveur MCP d'Owkin.

Exemples de cas d'usage

Affiner la stratification des patients. Identifiez des sous-groupes de patients que les modèles généralistes ne détectent pas grâce à un profilage granulaire de 6 types cellulaires distincts (y compris des populations peu étudiées comme les neutrophiles et les éosinophiles). Exploitez l'analyse de l'organisation spatiale pour caractériser les structures et phénotypes du micro-environnement tumoral au-delà de simples comptages.

Exemple de requête :

Visualiser des images de lames entières. Renforcez la confiance dans les résultats du modèle en récupérant des images de lames entières directement dans l'interface de discussion.

Exemple de requête :

Évaluer la valeur pronostique des marqueurs basés sur les lames H&E. Testez des hypothèses cliniques en effectuant des analyses de survie sur vos cohortes, en répartissant les patients selon des caractéristiques telles que des densités cellulaires spécifiques ou des scores spatiaux.

Exemple de requête :

Extraire des preuves quantitatives pour la reproductibilité. Renforcez la confiance dans les informations générées par l'IA en récupérant les données brutes sous-jacentes pour une vérification indépendante ou une analyse ultérieure.

Exemple de requête :

Comprendre les capacités et le contexte de Pathology Explorer d'Owkin. Gagnez en transparence sur le modèle en interrogeant directement ses spécifications techniques. Découvrez les types cellulaires pris en charge, le jeu de données d'entraînement pan-cancer et bien plus encore, afin de vous assurer que le modèle est adapté à votre question de recherche.

Exemple de requête :