Usar el conector de Owkin en Claude

El conector de Owkin impulsa Pathology Explorer, un agente de IA de Owkin que transforma portaobjetos de patología H&E en información consultable para el descubrimiento y desarrollo de fármacos y la investigación clínica. Este artículo explica cómo configurar y usar la integración de Owkin con Claude para acelerar la investigación impulsada por la patología.

La integración de Owkin se basa en la capacidad de Claude para usar conectores remotos.

Qué ofrece esta integración

Owkin construye agentes de IA para la biología con el fin de acelerar el descubrimiento de fármacos y reducir el riesgo y acelerar los ensayos clínicos. El conector de Owkin le da a Claude acceso a Pathology Explorer, un agente de Owkin que transforma los portaobjetos H&E de la base de datos TCGA en información granular y consultable. Los investigadores pueden usarlo para detectar automáticamente tipos de células a partir de imágenes de patología, analizar espacialmente los microambientes tumorales y validar hipótesis mediante análisis de supervivencia a nivel de cohorte, acelerando y reduciendo el riesgo del descubrimiento y desarrollo de fármacos.

Pathology Explorer ofrece una variedad de capacidades que permiten a Claude analizar portaobjetos histopatológicos. A continuación se presenta una descripción extendida de las características a nivel de portaobjetos que ofrece el modelo.

Características de conteo y densidad

Para cada tipo de célula (linfocitos, neutrófilos, plasmocitos, fibroblastos, eosinófilos, célula cancerosa), el modelo proporciona:

• count_{cell_type}: El número total de células del tipo especificado detectadas en el portaobjetos.
• global_density_{cell_type}: La densidad del tipo de célula especificado por unidad de área del tejido.

Características morfológicas del núcleo

Para cada tipo de célula, el modelo proporciona:

• mean_area_{cell_type}: El área promedio de los núcleos del tipo de célula especificado en los portaobjetos.
• mean_circularity_{cell_type}: La circularidad promedio de los núcleos del tipo de célula especificado en los portaobjetos.
• mean_perimeter_{cell_type}: El perímetro promedio de los núcleos del tipo de célula especificado en los portaobjetos.

Características de organización espacial

Para tres tipos de regiones (tumor, núcleo tumoral y estroma del núcleo tumoral), el modelo proporciona para cada tipo de célula:

• density_{cell_type}_in_{region}: La densidad del tipo de célula especificado dentro de la región especificada.

Para cada región, el modelo también proporciona:

• area_{region}: El área de la región especificada en el portaobjetos.

Además, para una selección de interacciones célula-célula biológicamente relevantes, el modelo proporciona:

• average_co_occurrence_{cell_type}_{cell_type2}_rad_20.0um: La co-ocurrencia promedio de los núcleos de los dos tipos de células especificados dentro de un radio de 20 micrómetros.

El modelo también calcula el tils_diffusivity, una métrica para cuantificar la difusividad de los linfocitos infiltrantes del tumor en el portaobjetos.

Cohortes disponibles del conjunto de datos

Las características están disponibles en las siguientes cohortes de TCGA:

• TCGA_ACC
• TCGA_BLCA
• TCGA_BRCA
• TCGA_CESC
• TCGA_CHOL
• TCGA_COAD
• TCGA_DLBC
• TCGA_ESCA
• TCGA_HNSC
• TCGA_KICH
• TCGA_KIRC
• TCGA_KIRP
• TCGA_LIHC
• TCGA_LUAD
• TCGA_LUSC
• TCGA_MESO
• TCGA_OV
• TCGA_PAAD
• TCGA_PRAD
• TCGA_READ
• TCGA_SARC
• TCGA_STAD
• TCGA_THCA
• TCGA_THYM
• TCGA_UCEC
• TCGA_UCS

Quién debería usar la integración de Owkin

Investigadores farmacéuticos y proveedores de atención médica (solo para uso en investigación), por ejemplo:

• Investigadores traslacionales e inmuno-oncológicos
• Equipos de descubrimiento de fármacos novedosos
• Equipos de desarrollo de fármacos y descubrimiento de biomarcadores
• Grupos de investigación en patología digital
• Grupos de desarrollo de diagnósticos complementarios

Quién puede acceder a la integración de Owkin

Los requisitos previos para acceder al conector son:

• Una cuenta con acceso a la plataforma K Pro (página del producto, página de registro)
• Acceso a Claude.ai o Claude Desktop

Puedes encontrar más detalles sobre cómo acceder a la integración en la Documentación del servidor MCP de Owkin.

Configuración de la integración de Owkin

Para propietarios de organizaciones (Team y Enterprise)

1. Navega a Configuración de administrador > Conectores
2. Haz clic en "Explorar conectores"
3. Haz clic en "Owkin"
4. Haz clic en "Añadir a tu equipo"

Para usuarios individuales de Claude

1. Navega a Configuración > Conectores
2. Busca "Owkin"
3. Haz clic en "Conectar"
4. Sigue las instrucciones para introducir tus credenciales de Owkin y autenticarte

Obtén más información sobre cómo encontrar y conectar herramientas en Claude.

Para usuarios de Claude Code

1. Conecta Owkin en Claude siguiendo los pasos anteriores
2. Inicia sesión en Claude Code con la misma cuenta de Claude (ejecuta /login para cambiar de cuenta), luego reinicia Claude Code
3. Ejecuta /mcp y comprueba que el conector aparece en la sección de claude.ai de la lista (si no se muestra, selecciona Mostrar conectores no usados al final de esa sección)

Obtén más información sobre cómo usar conectores de Claude en Claude Code.

Los detalles técnicos de la integración de Owkin se encuentran en la Documentación del servidor MCP de Owkin.

Ejemplos de casos de uso

Refinar la estratificación de pacientes. Identifica subgrupos de pacientes que los modelos generalistas pasan por alto mediante el perfilado granular de 6 tipos de células distintos (incluyendo poblaciones poco estudiadas como neutrófilos y eosinófilos). Aprovecha el análisis de organización espacial para caracterizar estructuras y fenotipos del TME más allá de simples conteos.

Ejemplo de indicación:

Visualizar imágenes de portaobjetos completos. Genera confianza en el resultado del modelo recuperando imágenes de portaobjetos completos directamente dentro de la interfaz de chat.

Ejemplo de indicación:

Evaluar el valor pronóstico de marcadores basados en H&E. Pon a prueba hipótesis clínicas realizando análisis de supervivencia en tus cohortes, dividiendo a los pacientes según características como densidades celulares específicas o puntuaciones espaciales.

Ejemplo de indicación:

Extraer evidencia cuantitativa para la reproducibilidad. Genera confianza en las perspectivas generadas por IA recuperando los datos brutos subyacentes para su verificación independiente o análisis posterior.

Ejemplo de indicación:

Comprender las capacidades y el contexto de Pathology Explorer de Owkin. Obtén transparencia sobre el modelo consultando sus especificaciones técnicas directamente. Aprende sobre los tipos de células admitidos, el conjunto de datos de entrenamiento pan-oncológico y más, para asegurarte de que el modelo sea apropiado para tu pregunta de investigación.

Ejemplo de indicación: