Verwendung der ToolUniverse-Erweiterung in Claude

Das ToolUniverse MCP gibt Claude Zugriff auf eine Bibliothek von über 600 geprüften wissenschaftlichen Tools, um große Hypothesenräume zu erkunden, konkurrierende Hypothesen zu vergleichen und schnelle bis langsame Analysezyklen zu durchlaufen. Dieser Artikel erklärt, wie du die ToolUniverse-Integration mit Claude einrichtest und verwendest.

Die ToolUniverse-Integration ist als Desktop-Erweiterung in der Claude Desktop App verfügbar (hier herunterladen), und sie basiert auf Claudes Fähigkeit, lokale Konnektoren über eine Desktop-Erweiterung zu verwenden.

Über die ToolUniverse-Integration

ToolUniverse ist ein Ökosystem zum Aufbau von KI-Wissenschaftlern und KI-Agenten für die Wissenschaft, die mit Forschern zusammenarbeiten, um Hypothesen zu generieren, sie in ausführbare Forschungspläne umzuwandeln, wissenschaftliche Tools auszuführen und Analysen kontinuierlich zu aktualisieren. Es zielt auf Forschung im großen Maßstab ab, um wissenschaftliche Entdeckung neu zu denken: KI-Wissenschaftler erkunden große Hypothesenräume, vergleichen konkurrierende Hypothesen und durchlaufen schnelle bis langsame Analysezyklen, anstatt einmalige Zusammenfassungen zu erstellen.

ToolUniverse standardisiert die Tool-Nutzung. Es ermöglicht KI-Wissenschaftlern, Tools über lokale Python-Funktionen und Remote-Dienste zu entdecken und auszuführen, die über MCP bereitgestellt werden. Dieses Design macht jeden Schritt nachvollziehbar: KI-Wissenschaftler erstellen End-to-End-Workflows, die Datensätze, Modelle und Analyse-Pipelines verbinden, und protokollieren Eingaben und Ausgaben, bevor sie die nächste Aktion auswählen. In der Mensch-KI-Zusammenarbeit unterstützt ToolUniverse eine kontinuierliche Schleife aus Hypothesengenerierung, informationssuchenden Tool-Aufrufen, der Umsetzung von Forschungszielen und der Verfeinerung interner Modelle, während neue experimentelle Daten eintreffen und Erkenntnisse generiert werden.

In dieser Integration verfügbare Datensätze und Dienste

Haftungsausschluss von ToolUniverse: ToolUniverse bietet Zugriff auf wissenschaftliche Datenbanken und Dienste von Drittanbietern. Alle Urheberrechte und geistigen Eigentumsrechte an den unten aufgeführten Daten, Inhalten und Diensten liegen bei den jeweiligen ursprünglichen Quellen und Eigentümern. ToolUniverse fungiert ausschließlich als Integrationsplattform und übernimmt keine Verantwortung für die Genauigkeit, Vollständigkeit oder fortlaufende Verfügbarkeit dieser externen Ressourcen.

ToolUniverse bietet Zugriff auf ein umfassendes Ökosystem wissenschaftlicher Ressourcen:

Biologische Datenbanken und biologische Foundation Models

• UniProt – Vollständige Protein-Wissensdatenbank
• Ensembl – Genomische Daten und Annotationen
• RCSB PDB – Proteinstrukturdatenbank
• ChEMBL – Datenbank für bioaktive Moleküle und Arzneimittelforschung
• NCBI-Datenbanken – GenBank, RefSeq, SNP-Datenbank
• Gene Ontology – Annotationen zu biologischen Prozessen, Funktionen und Lokalisierung
• ESM – Protein-Sprachmodelle
• TranscriptFormer – Foundation Models für Einzelzellanalyse

Chemische und Arzneimittel-Datenbanken

• PubChem – Chemische Strukturen und biologische Aktivitäten
• DrugBank – Datenbank für Arzneimittel und Wirkstoffziele
• ChEMBL – Bioaktive arzneimittelähnliche kleine Moleküle
• FDA-Datenbanken – Arzneimittelzulassung, Verschreibungsinformationen, unerwünschte Ereignisse, Indikationen und Kontraindikationen, Wechselwirkungen von Arzneimitteln
• ClinicalTrials.gov – Informationen zu klinischen Studien

Literatur- und Wissensdatenbanken

• PubMed – Biomedizinische Literaturdatenbank
• Semantic Scholar – KI-gestützte Literaturanalyse
• Europe PMC – Frei zugängliche biomedizinische Literatur
• OpenAlex – Umfassende Datenbank wissenschaftlicher Arbeiten
• Crossref – DOI-Registrierung und Metadaten
• OpenTargets – Erkenntnisse für die systematische Auswahl von Arzneimittelzielen

Genomische und Gesundheitsdaten

• GTEx – Gewebespezifische Genexpression
• GWAS Catalog – Genomweite Assoziationsstudien
• ClinVar – Genetische Variation und Krankheitszusammenhänge
• OMIM – Online Mendelian Inheritance in Man
• TCGA – Krebsgenomikdaten

Forschungstools und APIs

• OpenTargets – Ziel-Krankheits-Assoziationen
• STRING – Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke
• KEGG – Informationen zu Signalwegen und Krankheiten
• Reactome – Datenbank biologischer Signalwege
• InterPro – Proteinfamilien und -domänen

KI-Modelle, KI-Agenten, Foundation- und generative Modelle, Visualisierungen und wissenschaftliche Workflows

• AlphaFold – Vorhersage von Proteinstrukturen
• BLAST – Suche nach Sequenzähnlichkeiten
• ADMET-AI – Modelle zur Vorhersage von Arzneimitteleigenschaften
• ChemTools – Werkzeuge für Chemieinformatik
• Visualisierungstools – Molekulare und Datenvisualisierung

Wer die ToolUniverse-Integration nutzen sollte

Forschungswissenschaftler und Akademiker

Beschleunige die Hypothesengenerierung, automatisiere Literaturrecherchen, führe komplexe Multi-Datenbank-Analysen durch und skaliere Forschungskapazitäten auf neue experimentelle und KI-Mensch-Kollaborationsplattformen.

Pharma- und Biotech-Unternehmen

Optimiere Arzneimittelentwicklungs-Pipelines, verbessere die Zielidentifikation, optimiere das Design und die Optimierung von Verbindungen, führe virtuelles Wirkstoffscreening durch und beschleunige die Berichtserstellung sowie die Zielbewertung, Risikominimierung und Validierung.

Gesundheitsorganisationen

Treibe Initiativen zur Präzisionsmedizin voran, unterstütze die Gestaltung und Optimierung klinischer Studien durch Patientenauswahl, erleichtere die pharmakogenomische Forschung und verbessere Strategien zur Patientenstratifizierung, extrahiere prognostische und prädiktive Biomarker aus multimodalen Gesundheitsdatensätzen.

Data Scientists, ML-Ingenieure, Plattform- und Infrastruktur-Ingenieure

Zugriff auf domänenspezifische Tools ohne individuelle Entwicklung, schnelles Prototyping von KI-Agenten für die Wissenschaft und Integration wissenschaftlicher Daten in ML-Workflows.

Regierungs- und Aufsichtsbehörden

Verbesserte regulatorische Entscheidungsfindung, verbesserte Analyse unerwünschter Ereignisse, beschleunigte Arzneimittelzulassungsprozesse und umfassende Sicherheitsüberwachung.

Wer auf die ToolUniverse-Integration zugreifen kann

ToolUniverse ist unter der Apache License 2.0 Open Source und ermöglicht freien Zugriff auf alle Funktionen von ToolUniverse. Der Quellcode ist auf GitHub verfügbar.

Weitere Details zum Zugriff auf die Integration findest du in der MCP-Server-Dokumentation von ToolUniverse.

Einrichten der ToolUniverse-Integration

Die ToolUniverse-Integration ist als Desktop-Erweiterung in der Claude Desktop App verfügbar (hier herunterladen). Für Organisationsinhaber (Team und Enterprise) umfasst die Einrichtung der Integration, die Erweiterung für deine Organisation verfügbar zu machen. Für einzelne Nutzer umfasst die Einrichtung der Integration die Installation der Erweiterung innerhalb der Claude Desktop App.

Für Organisationsinhaber (Team und Enterprise)

Wenn deine Organisation die Desktop-Erweiterungs-Zulassungsliste verwendet (d. h. einschränkt, auf welche Desktop-Erweiterungen Nutzer zugreifen können) …

1. Navigiere zu Admin-Einstellungen > Konnektoren
2. Klicke oben auf den Tab „Desktop“
3. Bestätige, dass die „Zulassungsliste“ aktiviert ist
4. Klicke auf die Schaltfläche „Durchsuchen“
5. Gib im Suchfeld „ToolUniverse“ ein
6. Klicke auf ToolUniverse
7. Klicke auf „Zu deinem Team hinzufügen“
8. Weise dein Team an, die Claude Desktop App herunterzuladen, um gemäß den folgenden Anweisungen für einzelne Claude-Nutzer auf die Integration zuzugreifen

Wenn deine Organisation die Desktop-Erweiterungs-Zulassungsliste nicht verwendet (d. h. nicht einschränkt, auf welche Desktop-Erweiterungen Nutzer zugreifen können) …

1. Navigiere zu Admin-Einstellungen > Konnektoren
2. Klicke oben auf den Tab „Desktop“
3. Bestätige, dass die „Zulassungsliste“ deaktiviert ist
4. Wenn die Zulassungsliste deaktiviert ist, können alle Nutzer in deiner Organisation bereits über das Desktop-Erweiterungsverzeichnis gemäß den folgenden Anweisungen für einzelne Claude-Nutzer darauf zugreifen

Für einzelne Claude-Nutzer

1. Lade die Claude Desktop App herunter
2. Navigiere in der Claude Desktop App zu Einstellungen > Erweiterungen
3. Klicke auf „Erweiterungen durchsuchen“
4. Klicke auf „ToolUniverse“
5. Klicke auf „Installieren“

Erfahre mehr über die Installation von Desktop-Erweiterungen aus dem Verzeichnis.

Für Claude Code-Nutzer

Folge dem ToolUniverse-Leitfaden für Claude Code.

Technische Details zur ToolUniverse-Integration findest du in der MCP-Server-Dokumentation von ToolUniverse.

Beispiel-Anwendungsfälle

Arzneimittelforschung und therapeutische Entwicklung

• Workflows zur therapeutischen Entdeckung und vom Ziel zum Kandidaten
• Beispiel-Prompt:

• Workflow: ToolUniverse-gestützte KI-Wissenschaftler:
  • Abfrage von Krankheits-Ziel-Assoziationen über die OpenTargets-API
  • Abruf von Proteinstrukturen aus RCSB PDB
  • Analyse molekularer Interaktionen mit ChEMBL-Verbindungsdaten
  • Vorhersage von Bindungsaffinitäten mithilfe integrierter ML-Modelle
  • Generierung von Forschungshypothesen für die therapeutische Entwicklung

Humangenetik und genomische Forschung

• Von der Humangenetik zum Mechanismus (Variante-zu-Gen-zu-Signalweg)
• Beispiel-Prompt:

• Workflow: ToolUniverse-gestützte KI-Wissenschaftler:
  • Suche im GWAS-Katalog nach krankheitsassoziierten genetischen Varianten
  • Zuordnung von SNPs zu Genen mithilfe von Ensembl- und NCBI-Datenbanken
  • Abruf funktionaler Annotationen aus Gene Ontology
  • Analyse gewebespezifischer Expression mithilfe von GTEx-Daten
  • Identifikation biologischer Signalwege mithilfe von KEGG und Reactome

Literatur- und multimodale Evidenzsynthese

• Beispiel-Prompt:

• Workflow: ToolUniverse-gestützte KI-Wissenschaftler:
  • Multi-Datenbank-Literaturrecherchen (PubMed, Europe PMC, bioRxiv)
  • Automatisierte Zusammenfassung von Papern und Extraktion zentraler Ergebnisse
  • Analyse von Zitationsnetzwerken mithilfe von Semantic Scholar
  • Trendidentifikation durch zeitliche Analyse
  • Abgleich mit Daten klinischer Studien von ClinicalTrials.gov

Chemische und molekulare Analyse

• Beispiel-Prompt:

• Workflow: ToolUniverse-gestützte KI-Wissenschaftler:
  • Abfrage von FDA-Arzneimitteldatenbanken nach zugelassenen Medikamenten
  • Berechnung molekularer Deskriptoren und Eigenschaften
  • Vorhersage pharmakokinetischer Profile mithilfe von ADMET-AI-Modellen
  • Analyse von Struktur-Wirkungs-Beziehungen
  • Identifikation potenzieller Möglichkeiten zur Arzneimittel-Umwidmung

Wissenschaftliche Entdeckung und Automatisierung für Multi-Tool-Studien

• Beispiel-Prompt:

• Workflow: ToolUniverse-gestützte KI-Wissenschaftler:
  • Integration multimodaler Proteomik-Datenbanken (UniProt, PRIDE)
  • Automatisierung der Datenverarbeitung und Qualitätskontrolle von Proteomik-Messwerten
  • Annotation von Proteinfunktionen und Durchführung von Signalweganalysen
  • Durchführung statistischer Analysen und Erstellung interaktiver Visualisierungen
  • Erstellung von Berichten mit Zusammenfassungen

Demos und Dokumentation

Live-Demonstrationen

• Interaktive Web-Plattform: AIScientist.Tools – Live-Schnittstelle zur Entdeckung und Ausführung von über 700 wissenschaftlichen Tools
• Video-Demonstrationen: Verfügbar auf YouTube
• GitHub-Repository: ToolUniverse auf GitHub – Vollständiger Quellcode, Dokumentation und Community mit über 797 Sternen

Dokumentation und Tutorials

Die Dokumentation ist unter ToolUniverse-Dokumentation verfügbar und behandelt Installation, Nutzung und erweiterte Funktionen, einschließlich eines Schnellstart-Tutorials für eine 5-minütige Einrichtung und sofortiges Experimentieren mit wissenschaftlichen Tools sowie Leitfäden zur Integration mit großen Sprachmodellen, KI-Agenten und Reasoning-Modellen.

Community-Ressourcen

Greife über unsere Slack-Community für gegenseitige Unterstützung und Zusammenarbeit sowie über GitHub Issues zum Melden von Fehlern und Anfragen von Funktionen auf Community-Ressourcen zu.