Verwendung des Owkin-Konnektors in Claude

Der Owkin-Konnektor betreibt Pathology Explorer, einen KI-Agenten von Owkin, der H&E-Pathologie-Objektträger in abfragbare Erkenntnisse für die Arzneimittelforschung und -entwicklung sowie klinische Forschung umwandelt. Dieser Artikel erklärt, wie du die Owkin-Integration mit Claude einrichtest und nutzt, um pathologiegetriebene Forschung zu beschleunigen.

Die Owkin-Integration stützt sich auf Claudes Fähigkeit, Remote-Konnektoren zu nutzen.

Was diese Integration bietet

Owkin entwickelt KI-Agenten für die Biologie, um die Arzneimittelforschung zu beschleunigen sowie klinische Studien risikoärmer und schneller zu machen. Der Owkin-Konnektor gibt Claude Zugriff auf Pathology Explorer, einen Owkin-Agenten, der H&E-Objektträger aus der TCGA-Datenbank in granulare, abfragbare Erkenntnisse umwandelt. Forscher können damit automatisch Zelltypen aus Pathologiebildern erkennen, Tumor-Mikroumgebungen räumlich analysieren und Hypothesen durch Überlebensanalysen auf Kohortenebene validieren, wodurch die Arzneimittelforschung und -entwicklung beschleunigt und risikoärmer gemacht wird.

Der Pathology Explorer bietet eine Reihe von Funktionen, die es Claude ermöglichen, histopathologische Objektträger zu analysieren. Im Folgenden findest du eine ausführliche Beschreibung der vom Modell bereitgestellten Funktionen auf Objektträgerebene.

Zählungs- und Dichtemerkmale

Für jeden Zelltyp (Lymphozyten, Neutrophile, Plasmazellen, Fibroblasten, Eosinophile, Krebszelle) liefert das Modell:

• count_{cell_type}: Die Gesamtzahl der Zellen des angegebenen Typs, die auf dem Objektträger erkannt wurden.
• global_density_{cell_type}: Die Dichte des angegebenen Zelltyps pro Flächeneinheit des Gewebes.

Morphologische Merkmale des Zellkerns

Für jeden Zelltyp liefert das Modell:

• mean_area_{cell_type}: Die durchschnittliche Fläche der Zellkerne des angegebenen Zelltyps auf den Objektträgern.
• mean_circularity_{cell_type}: Die durchschnittliche Zirkularität der Zellkerne des angegebenen Zelltyps auf den Objektträgern.
• mean_perimeter_{cell_type}: Der durchschnittliche Umfang der Zellkerne des angegebenen Zelltyps auf den Objektträgern.

Merkmale der räumlichen Organisation

Für drei Arten von Regionen (Tumor, Tumorkern und Tumorkern-Stroma) liefert das Modell für jeden Zelltyp:

• density_{cell_type}_in_{region}: Die Dichte des angegebenen Zelltyps innerhalb der angegebenen Region.

Für jede Region liefert das Modell außerdem:

• area_{region}: Die Fläche der angegebenen Region auf dem Objektträger.

Zusätzlich liefert das Modell für eine Auswahl biologisch relevanter Zell-Zell-Interaktionen:

• average_co_occurrence_{cell_type}_{cell_type2}_rad_20.0um: Das durchschnittliche gemeinsame Auftreten der Zellkerne der beiden angegebenen Zelltypen innerhalb eines Radius von 20 Mikrometern.

Das Modell berechnet außerdem tils_diffusivity, eine Kennzahl zur Quantifizierung der Diffusivität tumorinfiltrierender Lymphozyten für den Objektträger.

Verfügbare Kohorten aus dem Datensatz

Die Merkmale sind für die folgenden TCGA-Kohorten verfügbar:

• TCGA_ACC
• TCGA_BLCA
• TCGA_BRCA
• TCGA_CESC
• TCGA_CHOL
• TCGA_COAD
• TCGA_DLBC
• TCGA_ESCA
• TCGA_HNSC
• TCGA_KICH
• TCGA_KIRC
• TCGA_KIRP
• TCGA_LIHC
• TCGA_LUAD
• TCGA_LUSC
• TCGA_MESO
• TCGA_OV
• TCGA_PAAD
• TCGA_PRAD
• TCGA_READ
• TCGA_SARC
• TCGA_STAD
• TCGA_THCA
• TCGA_THYM
• TCGA_UCEC
• TCGA_UCS

Wer sollte die Owkin-Integration nutzen

Pharmaforscher und Gesundheitsdienstleister (nur für Forschungszwecke), zum Beispiel:

• Translationale und immunonkologische Forscher
• Teams zur Entdeckung neuer Arzneimittel
• Teams für Arzneimittelentwicklung und Biomarker-Entdeckung
• Forschungsgruppen für digitale Pathologie
• Entwicklungsgruppen für Begleitdiagnostik

Wer kann auf die Owkin-Integration zugreifen

Voraussetzungen für den Zugriff auf den Konnektor sind:

• Ein Konto mit Zugang zur K Pro-Plattform (Produktseite, Anmeldeseite)
• Zugang zu Claude.ai oder Claude Desktop

Weitere Details zum Zugriff auf die Integration findest du in der MCP-Server-Dokumentation von Owkin.

Einrichten der Owkin-Integration

Für Organisationsinhaber (Team und Enterprise)

1. Navigiere zu Admin-Einstellungen > Konnektoren
2. Klicke auf „Konnektoren durchsuchen“
3. Klicke auf „Owkin“
4. Klicke auf „Zu deinem Team hinzufügen“

Für einzelne Claude-Nutzer

1. Navigiere zu Einstellungen > Konnektoren
2. Suche „Owkin“
3. Klicke auf „Verbinden“
4. Folge den Anweisungen, um deine Owkin-Anmeldedaten zur Authentifizierung einzugeben

Erfahre mehr über das Finden und Verbinden von Tools in Claude.

Für Claude Code-Nutzer

1. Verbinde Owkin in Claude, indem du die oben genannten Schritte befolgst
2. Melde dich mit demselben Claude-Konto bei Claude Code an (führe /login aus, um das Konto zu wechseln), und starte Claude Code dann neu
3. Führe /mcp aus und überprüfe, ob der Konnektor im Abschnitt claude.ai der Liste erscheint (falls er nicht angezeigt wird, wähle am Ende dieses Abschnitts Ungenutzte Konnektoren anzeigen)

Erfahre mehr über die Nutzung von Konnektoren aus Claude in Claude Code.

Technische Details zur Owkin-Integration findest du in der MCP-Server-Dokumentation von Owkin.

Beispiel-Anwendungsfälle

Patientenstratifizierung verfeinern. Identifiziere Patientenuntergruppen, die generalistische Modelle übersehen, durch granulare Profilierung von 6 verschiedenen Zelltypen (einschließlich wenig untersuchter Populationen wie Neutrophile und Eosinophile). Nutze die Analyse der räumlichen Organisation, um TME-Strukturen und Phänotypen über einfache Zählungen hinaus zu charakterisieren.

Beispiel-Prompt:

Ganze Objektträgerbilder visualisieren. Stärke das Vertrauen in die Modellausgabe, indem du Ganzobjektträgerbilder direkt im Chat-Interface abrufst.

Beispiel-Prompt:

Prognostischen Wert von H&E-basierten Markern bewerten. Teste klinische Hypothesen, indem du Überlebensanalysen an deinen Kohorten durchführst, indem du Patienten anhand von Merkmalen wie bestimmten Zelldichten oder räumlichen Scores aufteilst.

Beispiel-Prompt:

Quantitative Evidenz für Reproduzierbarkeit extrahieren. Stärke das Vertrauen in KI-generierte Erkenntnisse, indem du die zugrunde liegenden Rohdaten zur unabhängigen Verifizierung oder nachgelagerten Analyse abrufst.

Beispiel-Prompt:

Die Fähigkeiten und den Kontext von Owkins Pathology Explorer verstehen. Erlange Transparenz über das Modell, indem du seine technischen Spezifikationen direkt abfragst. Erfahre mehr über die unterstützten Zelltypen, den pan-kanzerösen Trainingsdatensatz und mehr, um sicherzustellen, dass das Modell für deine Forschungsfrage geeignet ist.

Beispiel-Prompt: